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J-GLOBAL ID：201502205293506435   整理番号：15A0784884

蛋白質間相互作用予測用の蛋白質配列中の可変領域のパターン発見

Discovering Variable-Length Patterns in Protein Sequences for Protein-Protein Interaction Prediction

著者 (2件)： HU Lun (Hong Kong Polytechnic Univ., Hong Kong, CHN) ,  CHAN Keith C. C. (Hong Kong Polytechnic Univ., Hong Kong, CHN)
資料名： IEEE Transactions on Nanobioscience  (IEEE Transactions on Nanobioscience)
巻： 14  号： 3/4  ページ： 409-416  発行年： 2015年04月 
JST資料番号： W1381A  ISSN： 1536-1241  CODEN： ITMCEL  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 蛋白質間の相互作用(PPI)をより正確に予測する可変領域を考慮したVLASPDアルゴリズムを開発した。蛋白質データベース検索より可変領域(FSS)を同定し,FSSの存在および非存在下の様々な組合せより,様々に結合した連続パターン(ASP)を形成し,蛋白質の間で有意に頻繁に発生するASPを有意に結合した連続パターン(SASP)として同定する。SASPが蛋白質対で見つかった場合,提供された証拠の量を定量化し,証拠の合計量によって相互作用する可能性を決定する。VLASPDの有効性を試験した結果はVLASPDがPPI予測の有望なアプローチであった。VLASPDはhttp://www.comp.polyu.edu.hk/~cslhu/resources/vlaspd/で使用,試験できる。

シソーラス用語： *タンパク質 ,  *相互作用 ,  *予測 ,  遺伝学実験技術 ,  データベース ,  結合部位 ,  *計算機アルゴリズム
準シソーラス用語： VLASPDアルゴリズム ,  可変領域 ,  蛋白質配列解析

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  分子構造  (EB03020Y)

タイトルに関連する用語 (5件)： 蛋白質間相互作用 ,  予測 ,  蛋白質配列 ,  可変領域 ,  パターン発見