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J-GLOBAL ID：201502206848111896   整理番号：15A0794962

次世代シーケンサーデータの解析手法 第4回 クオリティコントロールとプログラムのインストール

Methods for analyzing next-generation sequencing data: IV. FASTQ quality control and program installation

著者 (4件)： SUN Jianqiang (東大 大学院農学生命科学研究科) ,  TANG Min (東大 大学院農学生命科学研究科) ,  清水謙多郎 (東大 大学院農学生命科学研究科) ,  門田幸二 (東大 大学院農学生命科学研究科)
資料名： 日本乳酸菌学会誌  (Japanese Journal of Lactic Acid Bacteria)
巻： 26  号： 2  ページ： 124-132  発行年： 2015年06月29日 
JST資料番号： L3534A  ISSN： 1343-327X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 解説  発行国： 日本 (JPN)  言語： 日本語 (JA)

抄録/ポイント： 次世代シーケンサー(以下,NGS)データの解析は,大まかに1...

シソーラス用語： 自動分析計 ,...
準シソーラス用語： スクリプト ,...

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分類 (3件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  分子遺伝学一般  (EC02010J) ,  微生物検査法  (EG02020G)

引用文献 (10件)：

• 1) 孫建強,三浦文,清水謙多郎,門田幸二(2015)次世代シーケンサーデータの解析手法:第3 回Linux 環境構築からNGS データ取得まで.日本乳酸菌学会誌26:32-41.
• 2) Field D, Tiwari B, Booth T, Houten S, Swan D, et al. (2006) Open software for biologists: from famine to feast. Nat Biotechnol 24:801-803.
• 3) Nie Z, Zhou F, Li D, Lv Z, Chen J, et al. (2013) RIP-seq of BmAgo2-associated small RNAs reveal various types of small non-coding RNAs in the silkworm, Bombyx mori. BMC Genomics 14:661.
• 4) Hansen KD, Brenner SE, Dudoit S. (2010) Biases in Illumina transcriptome sequencing caused by random hexamer priming. Nucleic Acids Res 36:e131.
• 5) Lo CC, Chain PS (2014) Rapid evaluation and quality control of next generation sequencing data with FaQCs. BMC Bioinformatics 15:366.

タイトルに関連する用語 (5件)： 次世代シーケンサー ,  解析手法 ,  クオリティ ,  コントロール ,  インストール