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J-GLOBAL ID：201502207406507575   整理番号：15A0435071

biPipes:smallRNA-seq,RNA-seq,degradome-,CAGE-seq,ChIP-seqと遺伝子ゲノムDNAシーケンシングを介してのpiRNAとトランスポゾン解析のためのパイプラインのセット

piPipes: a set of pipelines for piRNA and transposon analysis via small RNA-seq, RNA-seq, degradome- and CAGE-seq, ChIP-seq and genomic DNA sequencing

著者 (4件)： HAN Bo W. (Univ. Massachusetts Medical School, MA, USA) ,  WANG Wei (Univ. Massachusetts Medical School, MA, USA) ,  ZAMORE Phillip D. (Univ. Massachusetts Medical School, MA, USA) ,  WENG Zhiping (Univ. Massachusetts Medical School, MA, USA)
資料名： Bioinformatics  (Bioinformatics)
巻： 31  号： 4  ページ： 593-595  発行年： 2015年02月15日 
JST資料番号： T0478A  ISSN： 1367-4803  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 短報  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： piRNAは後生動物や動物の生殖細胞系でトランスポゾンの発現を抑制するサイレンス小RNAのクラスであり,次世代へ遺伝情報を忠実に伝達する役割をもつ。ハイスループットシームケンシングでRNA干渉に関与する遺伝子が求められ膨大なデータのライブラリになっている。研究者により解釈が異なることがあり,ここでは,RNA,小RNA,クロマチン免疫沈降などのデータからpiRNAとトランスポゾン-導出RNAの解析をするパイプラインのセットとしてbiPipesを開発した。biPipesはsmallRNA-seq,RNA-seq,degradome-seq,CAGE-seq,ChIP-seqのデータを解析をするようにデザインした5つのパイプラインで構成されている。また,piRNA分野で数値計算で標準化することと公表用のフローチャートも提供している。

シソーラス用語： *トランスポゾン ,  RNA【核酸】 ,  *RNA干渉 ,  *パイプライン処理 ,  ショウジョウバエ
準シソーラス用語： スモールRNA ,  小RNA

分類 (3件)： 生物学的機能  (EB04020F) ,  遺伝子発現  (EC02040Q) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (7件)： 遺伝子 ,  ゲノム ,  DNAシーケンシング ,  piRNA ,  トランスポゾン ,  解析 ,  パイプライン