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J-GLOBAL ID：201502207609198455   整理番号：15A1070458

確率アルゴリズムの組み合わせを使ったペプチドのエネルギー景観の特性化

Characterizing Energy Landscapes of Peptides Using a Combination of Stochastic Algorithms

著者 (9件)： DEVAURS Didier (LAAS, CNRS, Toulouse, FRA) ,  DEVAURS Didier (Univ. Toulouse, Toulouse, FRA) ,  DEVAURS Didier (Rice Univ., TX, USA) ,  MOLLOY Kevin ,  VAISSET Marc ,  SHEHU Amarda (George Mason Univ., VA, USA) ,  SIMEON Thierry ,  CORTES Juan (LAAS, CNRS, Toulouse, FRA) ,  CORTES Juan (Univ. Toulouse, Toulouse, FRA)
資料名： IEEE Transactions on Nanobioscience  (IEEE Transactions on Nanobioscience)
巻： 14  号： 5/6  ページ： 545-552  発行年： 2015年07月 
JST資料番号： W1381A  ISSN： 1536-1241  CODEN： ITMCEL  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 本研究において,小さいが柔軟なペプチドのエネルギー景観の完全な特性付けを行うため,ふたつのサンプリングベースの手法を組合わせた。まず,景観における低エネルギー領域を明らかにし,対応するペプチドの準安定な構造状態を確認するためにBasin Hoppingアルゴリズムの改変を提示した。二番目に,これらの状態間の接続性を綿密に計画するため,ロボット工学に触発されたアルゴリズムのいくつかの改変,遷移ベースの迅速探索ランダムツリー(T-RRT)を提示し,ペプチドのエネルギー景観の再構築を完成した。特に,準安定な構造状態間の遷移経路アンサンブル及び遷移可能性の計算を可能にするT-RRTの新規の改変を提示した。この組合わせ手法をmet-エンケファリンに適用した。

シソーラス用語： アルゴリズム ,  *ペプチド ,  *景観 ,  分子構造 ,  エンケファリン
準シソーラス用語： *エネルギー景観 ,  ペプチド構造 ,  確率アルゴリズム

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N)

物質索引 (1件)： メチオニンエンケファリン

タイトルに関連する用語 (6件)： 確率アルゴリズム ,  組み合わせ ,  ペプチド ,  エネルギー ,  景観 ,  特性化