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J-GLOBAL ID：201502209326437871   整理番号：15A0949406

合成無機分子の巨大分子結晶学:シアノスターのマクロ環の構造決定用にxMDFFとPHENIXの複合化

Macromolecular Crystallography for Synthetic Abiological Molecules: Combining xMDFF and PHENIX for Structure Determination of Cyanostar Macrocycles

著者 (9件)： SINGHAROY Abhishek (Univ. Illinois at Urbana-Champaign, Illinois, USA) ,  VENKATAKRISHNAN B. (Indiana Univ., Indiana, USA) ,  LIU Yun (Indiana Univ., Indiana, USA) ,  MAYNE Christopher G. (Univ. Illinois at Urbana-Champaign, Illinois, USA) ,  LEE Semin (Indiana Univ., Indiana, USA) ,  CHEN Chun-Hsing (Indiana Univ., Indiana, USA) ,  ZLOTNICK Adam (Indiana Univ., Indiana, USA) ,  SCHULTEN Klaus (Univ. Illinois at Urbana-Champaign, Illinois, USA) ,  FLOOD Amar H. (Indiana Univ., Indiana, USA)
資料名： Journal of the American Chemical Society  (Journal of the American Chemical Society)
巻： 137  号： 27  ページ： 8810-8818  発行年： 2015年07月15日 
JST資料番号： C0254A  ISSN： 0002-7863  CODEN： JACSAT  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 結晶構造決定により長い間小分子の構造と結合に知見が得られてきた。これらの同じ小分子を,配位ケージ,超分子アーキテクチャと有機ベースの骨格の様な多分子組織体に配置する時,結晶学的特性は生体のマクロ分子に密接に似ている。この類似性から生体マクロ分子はーの精密化アプローチを,凝集状態で現れる無機分子錯体の構造決定に使用することが示唆される。この示唆に従い,生体構造解析法により五角形の巨大環状分子,シアノスターの結晶構造を研究し,結果を従来の小分子法と比較した。シアノスターは,全分子無秩序と巨大環と分子間空孔に位置する非常に柔軟性の溶媒分子を含む超分子結晶学で見出された困難さを示した。巨大分子構造決定法PHENIXからのツールと共に力場支援の精密化法,X線結晶学における分子動力学の柔軟な適合アルゴリズム(xMDFF)を用いた。標準的なPHENIX,すなわちxMDFFなしの実施では,分子置換による解を得るのに失敗し,あるいは0.84Åの非常に高い回折データでも幾何学的構造束縛を用いると不正確な構造が得られた。最適化力場を分子モデルの再整列に使用するxMDFFの利点を用いるとこの問題は消滅した。このモデル系の構造決定は,小分子法と非常に良く一致した。従って複合xMDFF-PHENIXの精密化プロトコルは,小分子とそれら分子の組織化の構造決定において巨大分子法を使用する新しい戦略を提示した。

シソーラス用語： *大環状化合物 ,  *構造解析 ,  *結晶構造 ,  超分子 ,  *力の場 ,  アルゴリズム ,  *柔軟性 ,  分子モデル ,  *分子動力学 ,  X線回折
準シソーラス用語： 力場

分類 (1件)： X線回折法  (BK01020I)

物質索引 (1件)： 6,13,20,27,34-ペンタ-tert-ブチルヘキサシクロ[30.3.1.1^4,8.1^11,15.1^18,22.1^25,29]テトラコンタン-1(35),2,4(40),5,7,9,11(39),12,14,16,18(38),19,21,23,25(37),26,28,30,32(36),33-イコサエン-3,10,17,24,31-ペンタカルボニトリル

タイトルに関連する用語 (6件)： 分子 ,  巨大分子 ,  結晶学 ,  マクロ ,  環 ,  複合化