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J-GLOBAL ID：201502209442246137   整理番号：15A1184443

ペプチドと蛋白質の改善同定のための科学的ワークフローの最適化

Scientific workflow optimization for improved peptide and protein identification

著者 (4件)： HOLL Sonja (Forschungszentrum Juelich, Juelich, DEU) ,  MOHAMMED Yassene (Leiden Univ. Medical Center, Leiden, NLD) ,  ZIMMERMANN Olav (Forschungszentrum Juelich, Juelich, DEU) ,  PALMBLAD Magnus (Leiden Univ. Medical Center, Leiden, NLD)
資料名： BMC Bioinformatics (Web)  (BMC Bioinformatics (Web))
巻： 16  号： Sept  ページ： 16:284 (WEB ONLY)  発行年： 2015年09月 
JST資料番号： U7025A  ISSN： 1471-2105  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:ペプチドスペクトルマッチングは質量分析ベースのプロテオミクスでのほとんどのデータ処理ワークフローに共通のステップである。この作業に取り組むために多くのアルゴリズムとソフトウェアパッケージが無償と市販の両方で開発されている。しかしこれらのアルゴリズムは,典型的には質量測定の誤差許容と酵素的切断数見逃しのような装置と検体に依存するパラメータの選択を要求する。特定のデータセット用に最良のアルゴリズムとパラメータセットを選択するために,データ及びアルゴリズム自身についての詳細な知見を必要とする。そのため,ほとんどの研究者は最適である必要のない初期値パラメータを使用する傾向である。結果:ペプチドスペクトルマッチングを実施するために,与えられた科学的ワークフローでのパラメータの最良の組合わせを見いだすTaverna科学的ワークフロー管理システム(http://ms-utils.org/Taverna_Optimization.pdf)に新規最適化フレームワークを応用した。最適化自身は,配列データベース検索におけるより大きな質量管理誤差のために可能となる場合に観察可能である幾つかの現象により明らかになったように,自明ではない。科学的ワークフロー管理システムに包含されたオンザフライパラメータ最適化は,専門家と非専門家が同様にデータから最大限の情報を抽出することを可能とする。同じワークフローは,パラメータスペースを検討し,ペプチドスペクトルマッチングのみならず,保持時間予測のような他の作業のためのアルゴリズムを比較するのにも使用可能である。結論:最適化フレームワークを用いて,データがどのように取得されるか,そしてアルゴリズムについて学習することが可能となった。N末端ピログルタミン酸を持つペプチドとしての多くのアンモニア消失bイオンと大きな前駆体質量測定誤差を観測した。これらの識見は最適化フレームワークにより検討される質量測定誤差許容パラメータの共通範囲の拡大によってのみ得られる。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： 処理 ,  *ペプチド ,  *タンパク質 ,  *ワークフロー ,  *最適化 ,  *質量分析 ,  タンデム質量分析 ,  プロテオミクス ,  *データ処理 ,  計算機アルゴリズム ,  アルゴリズム ,  プログラムパッケージ ,  公差 ,  選択 ,  数値 ,  データベース ,  測定誤差 ,  カルボン酸 ,  ラクタム
準シソーラス用語： オンザフライ処理 ,  ソフトウェアパッケージ ,  タンデム型質量分析 ,  パラメータ選択 ,  解析アルゴリズム ,  許容誤差 ,  初期値

分類 (4件)： 分子構造  (EB03020Y) ,  生物物理的研究法  (EA03020V) ,  質量分析計  (BD02060M) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

物質索引 (1件)： ピログルタミン酸

タイトルに関連する用語 (6件)： ペプチド ,  蛋白質 ,  同定 ,  科学 ,  ワークフロー ,  最適化