オオムギのエピゲノムのクロマチン状態分析はH3K27me1とH3K27me3存在割合によって規定される高次構造を明らかにする

BAKER Katie; DHILLON Taniya; COLAS Isabelle; COOK Nicola; MILNE Iain; MILNE Linda; BAYER Micha; FLAVELL Andrew J.

文献

J-GLOBAL ID：201502210205179059 整理番号：15A1088347

オオムギのエピゲノムのクロマチン状態分析はH3K27me1とH3K27me3存在割合によって規定される高次構造を明らかにする

Chromatin state analysis of the barley epigenome reveals a higher-order structure defined by H3K27me1 and H3K27me3 abundance

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資料名：
巻： 84 号： 1 ページ： 111-124 発行年： 2015年10月
JST資料番号： A1374A ISSN： 0960-7412 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：イギリス (GBR) 言語：英語 (EN)

種々の共有結合性変異をもたらすヒストンの組合せは遺伝子発現変化の主要な要素である。著者らはクロマチン免疫沈降法次世代DNAシークエンシング(ChIP-seq)によってオオムギ苗のエピゲノムの9つの改質ヒストンをマップした。この変異での染色体の分布はそれらを4つの異なる分類にグループに分けて,示された分類のメンバーはこの局所的DNAレベルで一致する傾向があり,世界的規模の分布パターンは局所的な遺伝子発現環境を反映することを示唆している。著者らはオオムギゲノムにおいて局所的な遺伝子発現環境を代表する10のクロマチン状態を定義するためにこのピーク共用を使用した。5つの状態は主に遺伝子をマップして,5つは遺伝子間領域にマップした。H3K36me3を含む2つの遺伝子状態は構成遺伝子発現と優先的に関連したが,一方H3K27me3を含む遺伝子状態は特異的に発現した遺伝子と関連した。この10の状態はオオムギの染色体を3つの異なるグローバル環境に分かれる分布パターンの衝突を示した。最初に,テロメア近位の領域は,きわめて低レベルのこの抑圧するH3K27me1改質と共に,遺伝子と遺伝子間DNAの両方をカバーする高密度のH3K27me3を含んだ。これらのフランキングは活性クロマチン状態に富んで,H3K27me3レベルの大きな減少とH3K27me1とH3K9me2量の増加を有する遺伝子リッチの内部領域であった。最後に,H3K27me3減少動原体周囲領域は,多量のH3K27me1とH3K9me2改質と関連する広範囲のレトロトランスポゾンリッチな領域によって分離された活性クロマチン状態を有する遺伝子島を含んだ。著者らは,遺伝子間H3K27me3がそれによってテロメア近位の領域において機能性異質染色質を特定化して,またH3K27me1がオオムギゲノムの他の部分で構成的ヘテロクロマチンの診断に役立つオオムギに関するエピゲノムフレームワークを提案した。Copyright 2015 Wiley Publishing Japan K.K. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.

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植物学研究法 , 遺伝子の構造と化学

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