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J-GLOBAL ID：201502210209926266   整理番号：15A1202761

BUSCO:単一コピーオルソログを用いたゲノムアセンブリとアノテーション完全性の評価

BUSCO: assessing genome assembly and annotation completeness with single-copy orthologs

著者 (5件)： SIMAO Felipe A. (Univ. Geneva Medical School and Swiss Inst. of Bioinformatics, Geneva, CHE) ,  WATERHOUSE Robert M. (Univ. Geneva Medical School and Swiss Inst. of Bioinformatics, Geneva, CHE) ,  IOANNIDIS Panagiotis (Univ. Geneva Medical School and Swiss Inst. of Bioinformatics, Geneva, CHE) ,  KRIVENTSEVA Evgenia V. (Univ. Geneva Medical School and Swiss Inst. of Bioinformatics, Geneva, CHE) ,  ZDOBNOV Evgeny M. (Univ. Geneva Medical School and Swiss Inst. of Bioinformatics, Geneva, CHE)
資料名： Bioinformatics  (Bioinformatics)
巻： 31  号： 19  ページ： 3210-3212  発行年： 2015年10月01日 
JST資料番号： T0478A  ISSN： 1367-4803  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 短報  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 進化情報を用いてゲノムアセンブリとアノテーション完全性の定量的な評価基準を提案した。単一コピーオルソログの集合である,Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO)を用いて評価の手続きを,オープンソースソフトウエア内に具現化した。BUSCOは種々の生物のゲノムについて高解像度の定量化が可能で,新規に決定されたドラフト配列と,試金石モデルとの比較が容易に実施された。ソフトウエアはPythonで実装され,http://busco.ezlab.orgからダウンロード可能である。

シソーラス用語： *ゲノム ,  組立 ,  ヌクレオチド配列 ,  コピー数 ,  アノテーション ,  *ソフトウェア ,  評価基準 ,  分子進化 ,  オープンソースソフトウェア ,  オルソログ
準シソーラス用語： *BUSCO ,  アセンブリ

分類 (1件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (6件)： コピー ,  オルソログ ,  ゲノムアセンブリ ,  アノテーション ,  完全性 ,  評価