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J-GLOBAL ID：201502210216170444   整理番号：15A1146038

イネにおける再シーケンシングアプローチに基づいた中茎の伸長に関するゲノムワイド関連解析(GWAS)

Genome-wide Association Study (GWAS) of mesocotyl elongation based on re-sequencing approach in rice

著者 (18件)： WU Jinhong (Shanghai Res. Station of Crop Gene Resource & Germplasm Enhancement, Chinese Ministry of Agriculture, Shanghai, CHN) ,  FENG Fangjun (Shanghai Res. Station of Crop Gene Resource & Germplasm Enhancement, Chinese Ministry of Agriculture, Shanghai, CHN) ,  LIAN Xingming (Huazhong Agricultural Univ., Wuhan, CHN) ,  TENG Xiaoying (Shanghai Res. Station of Crop Gene Resource & Germplasm Enhancement, Chinese Ministry of Agriculture, Shanghai, CHN) ,  WEI Haibin (Shanghai Res. Station of Crop Gene Resource & Germplasm Enhancement, Chinese Ministry of Agriculture, Shanghai, CHN) ,  YU Huihui (China National Seed Group Co., Ltd, Wuhan, CHN) ,  XIE Weibo (Huazhong Agricultural Univ., Wuhan, CHN) ,  YAN Min (Shanghai Res. Station of Crop Gene Resource & Germplasm Enhancement, Chinese Ministry of Agriculture, Shanghai, CHN) ,  FAN Peiqing (Shanghai Res. Station of Crop Gene Resource & Germplasm Enhancement, Chinese Ministry of Agriculture, Shanghai, CHN) ,  LI Yang (Shanghai Res. Station of Crop Gene Resource & Germplasm Enhancement, Chinese Ministry of Agriculture, Shanghai, CHN) ,  MA Xiaosong (Shanghai Res. Station of Crop Gene Resource & Germplasm Enhancement, Chinese Ministry of Agriculture, Shanghai, CHN) ,  LIU Hongyan (Shanghai Res. Station of Crop Gene Resource & Germplasm Enhancement, Chinese Ministry of Agriculture, Shanghai, CHN) ,  YU Sibin (Huazhong Agricultural Univ., Wuhan, CHN) ,  WANG Gongwei (Huazhong Agricultural Univ., Wuhan, CHN) ,  ZHOU Fasong (China National Seed Group Co., Ltd, Wuhan, CHN) ,  LUO Lijun (Shanghai Res. Station of Crop Gene Resource & Germplasm Enhancement, Chinese Ministry of Agriculture, Shanghai, CHN) ,  LUO Lijun (Huazhong Agricultural Univ., Wuhan, CHN) ,  MEI Hanwei (Shanghai Res. Station of Crop Gene Resource & Germplasm Enhancement, Chinese Ministry of Agriculture, Shanghai, CHN)
資料名： BMC Plant Biology (Web)  (BMC Plant Biology (Web))
巻： 15  号： Sept  ページ： 15:218 (WEB ONLY)  発行年： 2015年09月 
JST資料番号： U7027A  ISSN： 1471-2229  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:機械化乾田直播水稲は労働や水資源の両方を保存できる。イネの苗立ちは播種の深さに感受性があり,一方中茎の伸長中は深く播種された種子の発芽を容易にする。結果:中国米の遺伝資源(C Collection)のミニコアコレクションに由来する170種類や干ばつ抵抗の育種プログラムで使用される100種類(D Collection)を含む270種類のイネ資源の集合を,水中に成長した実生の中茎の長さ(MLw)に関して,暗闇中,5cmの砂栽培(MLs)という条件下でスクリーニングした。26個のアクセッションでMLwが1.0cmより長かった。11個のアクセッションは最高の中茎の長さを有し,例えばMLwに関しては1.4~5.05cm,そして10cmの砂栽培においては3.0~6.4cmであり,七つの高地の在来種や変種を含む。1019883個のSNPsの遺伝子型データは,それらのアクセッションの再配列決定によって開発された。全ゲノムSNPアレイが検証パネルとして24個のアクセッションの遺伝子型を決定するために使用され,再配列データとSNPsが平均98.41%一致した。圧縮された混合線形モデルに基づいてGWASはGAPITを用いて行なった。-log(P)8.0の閾値に基づいて,13箇所の遺伝子座は,それぞれイネ染色体1や3や4や5や6および9上のMLwに関連していた。三つの関連する遺伝子座は,染色体3や6やおよび10にMLsについて検出された。MLwに関連する99個のSNPsは妥協閾値(-log(P)7.0)に基づいて,遺伝子間領域または36個の注釈付き遺伝子の異なる位置に配置され,一つのカリンや一つの成長調節因子遺伝子を含む。結論:高い割合と細長い中茎の拡張は,イネ遺伝資源のミニコアコレクションや,陸稲の在来種または変種で観察され,おそらく中茎の伸長や干ばつ抵抗性との相関関係を引き起こす。GWASにより,暗発芽で測定された中茎長に関する13箇所の遺伝子座が発見され,以前に報告された,集団や実験を通じて共座乗する二箇所のQTLを確証した。関連SNPsは,36個の注釈付き遺伝子にヒットし,カリンやGRFなどの機能一致候補を含む。細長い中茎や特に高地在来種または変種および関連するSNPsを持つ遺伝資源は,さらなる研究と機械化乾田直播水稲の品種改良に有用である可能性がある。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： イネ ,  発芽 ,  生物多様性 ,  表現型 ,  遺伝学実験技術 ,  一塩基多型 ,  *ゲノムワイド関連解析 ,  遺伝子量効果 ,  量的形質遺伝子座
準シソーラス用語： 表現型多様性 ,  SNP解析 ,  遺伝的集団構造 ,  量的形質

分類 (1件)： 発生,成長,分化  (EH02030U)

タイトルに関連する用語 (4件)： イネ ,  茎 ,  ゲノムワイド関連解析 ,  GWAS