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J-GLOBAL ID：201502210446504619   整理番号：15A0996751

PCR-DGGE法を用いる真菌多様性を評価するためのITSと18S rDNAの比較

Comparison of ITS and 18S rDNA for estimating fungal diversity using PCR-DGGE

著者 (6件)： LIU Jie (Nankai Univ., Ministry of Education Key Lab. of Pollution Processes and Environmental Criteria, Tianjin Key Lab. of ...) ,  YU Yaoyao (Nankai Univ., Ministry of Education Key Lab. of Pollution Processes and Environmental Criteria, Tianjin Key Lab. of ...) ,  CAI Zhang (Nankai Univ., Ministry of Education Key Lab. of Pollution Processes and Environmental Criteria, Tianjin Key Lab. of ...) ,  CAI Zhang (The Pennsylvania State Univ., John and Willie Leone Family Dep. of Energy and Mineral Engineering, 16802, Univ. Park ...) ,  BARTLAM Mark (Nankai Univ., State Key Lab. of Medicinal Chemical Biology and Coll. of Life Sciences, 300071, Tianjin, CHN) ,  WANG Yingying (Nankai Univ., Ministry of Education Key Lab. of Pollution Processes and Environmental Criteria, Tianjin Key Lab. of ...)
資料名： World Journal of Microbiology & Biotechnology  (World Journal of Microbiology & Biotechnology)
巻： 31  号： 9  ページ： 1387-1395  発行年： 2015年09月 
JST資料番号： T0482A  ISSN： 0959-3993  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 内部転写スペーサ(ITS)領域および18S rRNA遺伝子の両方が,菌類の分子的フィンガープリント法研究に広く適用されている。しかし,それらの2つのリボソームRNA領域における差異は,まだほとんど未知である。本研究では,ITSおよび18S rRNAにおける3セットの最適なサブユニットリボソームを,最適の実験条件下で変性勾配ゲル電気泳動(DGGE)法を用いて比較した。水生環境と土壌環境由来の10のサンプルを,テストした。結果は,範囲36-361で,ITS領域は範囲-重み付け豊度を産出したことと,それが18S rDNAによって産出したものより,著しく高かったことを明らかにした。水と土壌試料両方での,Shannon-Weaver多様度指数およびコミュニティ動力学による類似傾向があった。水および土壌由来のサンプルを,DGGEバンドの主成分分析における18S rDNAよりよくITSを用いて分離できた。本研究は,真菌集団分析において18SリボソームRNA遺伝子より,ITS領域がより正確で,多くのポテンシャルを持つことを示唆した。Copyright 2015 Springer Science+Business Media Dordrecht Translated from English into Japanese by JST.

シソーラス用語： *PCR法 ,  *ゲル電気泳動 ,  *真菌類 ,  遺伝子 ,  DNA【核酸】 ,  *フィンガープリント法 ,  *rRNA遺伝子 ,  リボソーム ,  生息環境 ,  土壌成分 ,  指数 ,  主成分分析
準シソーラス用語： 18S rDNA ,  18SrRNA遺伝子 ,  ITS領域 ,  PCR-DGGE法 ,  真菌 ,  水生環境 ,  多様度指数 ,  土壌環境 ,  変性勾配ゲル電気泳動

分類 (1件)： 微生物の生化学  (EG03020N)

タイトルに関連する用語 (6件)： PCR-DGGE法 ,  真菌 ,  多様性 ,  評価 ,  ITS ,  rDNA