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J-GLOBAL ID：201502211078537826   整理番号：15A1184448

転写データから転写因子活性の翻訳後モジュレータを詳細に解析するためのリバースエンジニアリングアプローチ

A reverse-engineering approach to dissect post-translational modulators of transcription factor’s activity from transcriptional data

著者 (8件)： GAMBARDELLA Gennaro (Telethon Inst. of Genetics and Medicine, Naples, ITA) ,  GAMBARDELLA Gennaro (King’s Coll. London, London, GBR) ,  PELUSO Ivana (Telethon Inst. of Genetics and Medicine, Naples, ITA) ,  MONTEFUSCO Sandro (Telethon Inst. of Genetics and Medicine, Naples, ITA) ,  BANSAL Mukesh (Columbia Univ., NY, USA) ,  MEDINA Diego L. (Telethon Inst. of Genetics and Medicine, Naples, ITA) ,  LAWRENCE Neil (Univ. Sheffield, Sheffield, GBR) ,  DI BERNARDO Diego (Telethon Inst. of Genetics and Medicine, Naples, ITA)
資料名： BMC Bioinformatics (Web)  (BMC Bioinformatics (Web))
巻： 16  号： Sept  ページ： 16:279 (WEB ONLY)  発行年： 2015年09月 
JST資料番号： U7025A  ISSN： 1471-2105  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:転写因子(TF)は細胞運命の主制御因子として機能する主要シグナル伝達経路の下流で機能する。活性は転写,転写後及び翻訳後レベルで厳密に制御されている。TF活性を修飾する蛋白質は実験的ハイスループット法では容易に同定されない。結果:遺伝子発現プロファイル(GEP)の一覧から,転写因子の翻訳後モジュレータを推定するためのDifferential Multi-Information(DMI)と命名した計算機戦略を開発した。TFのモジュレータ(すなわちキナーゼ/ホスファターゼ)が細胞内で発現すると,TF標的遺伝子の同時発現を引き起こすという仮定に基づいてDMIを構築した。逆に,モジュレータが発現しない場合にはTFは不活性であり,その標的遺伝子の共制御も消失する。DMIはMulti-Informationと呼ぶ測度を用いて各候補モジュレータの標的遺伝子共制御の変化の発生を検出する。5372個のGEPの一覧を用いてDMI法を検証し,14種の異なる転写因子の活性を制御するキナーゼを正しく同定するその予測能力を明らかにした。結論:DMIは経路と標的発見の両者を効率的に改善するハイスループットスクリーニングとしての実験的アプローチと組合わせて使用可能である。ユーザが興味のある転写因子の転写後モジュレータを同定するためにDMIを使用したい場合には,そのオンラインWebツールをhttp://dmi.tigem.itで見い出すことができる。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： *転写【遺伝】 ,  *転写因子 ,  *変調器 ,  *リバースエンジニアリング ,  細胞生理 ,  制御系要素 ,  経路 ,  細胞情報伝達 ,  計測 ,  *遺伝子発現 ,  ホスホトランスフェラーゼ ,  ホスファターゼ ,  遺伝子 ,  能力 ,  スクリーニング
準シソーラス用語： キナーゼ ,  シグナル伝達経路 ,  ハイスループットスクリーニング ,  ハイスループット法 ,  *モジュレータ ,  *リバースエンジニアリング手法 ,  *遺伝子発現プロファイル ,  細胞運命 ,  制御因子 ,  標的遺伝子 ,  予測能力

分類 (4件)： 遺伝学研究法  (EC01020N) ,  遺伝子発現  (EC02040Q) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  酵素一般  (EB09010D)

タイトルに関連する用語 (6件)： 転写 ,  転写因子 ,  活性 ,  翻訳 ,  モジュレータ ,  解析