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J-GLOBAL ID：201502211183455738   整理番号：15A0829226

TMFoldRec: 統計学的潜在性に基づく膜貫通蛋白質折畳み認識ツール

TMFoldRec: a statistical potential-based transmembrane protein fold recognition tool

著者 (2件)： KOZMA Daniel (Res. Centre for Natural Sci., Hungarian Acad. of Sci., Budapest, HUN) ,  TUSNADY Gabor E. (Res. Centre for Natural Sci., Hungarian Acad. of Sci., Budapest, HUN)
資料名： BMC Bioinformatics (Web)  (BMC Bioinformatics (Web))
巻： 16  号： June  ページ： 16:201 (WEB ONLY)  発行年： 2015年06月 
JST資料番号： U7025A  ISSN： 1471-2105  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:膜貫通蛋白質(TMP)はシグナル伝達,細胞間付着と細胞への/からのエネルギーと物質輸送に関与する重要な構成要素である。これらの過程のより良い理解には膜貫通蛋白質の構造決定が不可欠であるが,技術的問題によりごく少数の膜貫通蛋白質構造しか実験的に決定されていない。大規模なゲノム配列決定は生物の蛋白質や全プロテオームに関する配列情報量を増大するが,配列からいかに構造情報を得るかはバイオインフォマティックス分野の課題である。結果:新規な膜貫通蛋白質の膜セグメント折畳み予測法(TMFoldRec)を示す。統計学的潜在性に基づくTMFoldRecをPDBTMデータベース由来の124TMP鎖含有ベンチマークセットでテストした。10-フォールドジャックナイフ法を使用し,未変性折畳み事例の77%を正しく同定した。この精度は最先端の手法を上回っていた。さらに,TMFoldRecアルゴリズムの重要な特性は,得られた最低エネルギー構造が未変性であるかどうかに関係なく,予測の信頼度を推定して70%の精度で判定する能力であった。結論:これらの結果は,TMPの可溶性部よりも膜に組み込まれた部分がTM構造を決定することを意味する。さらに,信頼性スコア予測は,本アルゴリズムがプロテオーム規模での分析に応用可能であることを示す。有効性:このプログラムはリクエストによりアカデミックに利用可能である。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： *膜貫通タンパク質 ,  *折畳み構造 ,  *分子認識 ,  *計算機アルゴリズム ,  プロテオーム ,  統計解析 ,  科学技術 ,  技術予測 ,  アミノ酸配列 ,  *ヘリックス構造
準シソーラス用語： TMFoldRec ,  膜貫通ヘリックス

分類 (2件)： 分子構造  (EB03020Y) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (5件)： 統計学 ,  潜在性 ,  膜貫通蛋白質 ,  折畳み認識 ,  ツール