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J-GLOBAL ID:201502211550301912   整理番号:15A1062102

kSNP3.0:ゲノムアラインメントあるいは基準ゲノムを使わないゲノムのSNP検出および系統発生学的解析

kSNP3.0: SNP detection and phylogenetic analysis of genomes without genome alignment or reference genome
著者 (3件):
資料名:
巻: 31  号: 17  ページ: 2877-2878  発行年: 2015年09月01日 
JST資料番号: T0478A  ISSN: 1367-4803  資料種別: 逐次刊行物 (A)
記事区分: 短報  発行国: イギリス (GBR)  言語: 英語 (EN)
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kSNP3.0は多数の微生物ゲノムのアラインメント問題を解決することを目的に開発したもので,ゲノムアラインメントを使わないSNP同定および系統発生学的解析を可能にしたコンピュータープログラムである。このプログラムの特徴としてアノテーション,パーシモニーツリー,入力ファイルフォーマット,実行速度,他のプログラムとの比較を検討した。kSNP3.0はBSDライセンス下にLinuxとMac OS Xで作動し, https://sourceforge.net/projects/ksnp/files/ で入手できる。
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分類 (1件):
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分子・遺伝情報処理 

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