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J-GLOBAL ID：201502215844083790   整理番号：15A0920428

Sealer:ドラフトゲノムを完成するためのスケーラブルなギャップ閉鎖アプリケーション

Sealer: a scalable gap-closing application for finishing draft genomes

著者 (7件)： PAULINO Daniel (British Columbia Cancer Agency, BC, CAN) ,  WARREN Rene L. (British Columbia Cancer Agency, BC, CAN) ,  VANDERVALK Benjamin P. (British Columbia Cancer Agency, BC, CAN) ,  RAYMOND Anthony (British Columbia Cancer Agency, BC, CAN) ,  JACKMAN Shaun D. (British Columbia Cancer Agency, BC, CAN) ,  BIROL Inanc (British Columbia Cancer Agency, BC, CAN) ,  BIROL Inanc (Univ. British Columbia, BC, CAN)
資料名： BMC Bioinformatics (Web)  (BMC Bioinformatics (Web))
巻： 16  号： July  ページ： 16:230 (WEB ONLY)  発行年： 2015年07月 
JST資料番号： U7025A  ISSN： 1471-2105  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： [背景]次世代シークエンシング技術がゲノムシークエンシングをより迅速かつ入手可能にしてきた一方で,生物の完全ゲノム配列,特に大きなゲノムに関しては,生物情報学的にかなり挑戦的なままである。低い配列適用範囲,反復エレメントおよび短いリード長はde novoゲノムアセンブリを困難にし,しばしば未知あるいは評価された長さの特徴付けされていないヌクレオチド(N)範囲である配列および/あるいは断片”ギャップ”をもたらす。これらギャップの幾つかは,元のリードの最新の情報を再加工することにより閉じることができる。ギャップを閉じるための複数のツールがあるにもかかわらず,それらは数十億もの塩基対ゲノムを加工するために容易にはスケールアップできない。[結果]ここでは,Sealerについて述べる。Sealerは,空間-効率Bloomフィルタデータ構造により表されるde Bruijnグラフを指図することによりアセンブリスカフォード内のギャップを閉じるために設計したツールである。ヒト(3Gbp)およびシロトウヒ(white spruce:20Gbp)において,それぞれ30および27時間でギャップの50.8%および13.8%を成功裏に閉じるために拡大縮小する方法を示す。これは本研究において用いたデータ幅において,他の主要ツールでは不可能な芸当である。[結論]Sealerは,非常に大きなゲノムを含むドラフトアセンブリ内のギャップを閉じるための,de Bruijnグラフの簡潔なBloomフィルター表現を使用する自動完成アプリケーションである。細菌ゲノムから大きな植物ゲノムあるいはそれ以上の生命の樹にわたるゲノムを完成するために,Sealerが幅広い有用性を持つことを期待する。Sealerはhttps://github.com/bcgsc/abyss/tree/sealer-releaseにてダウンロード利用できる。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： ゲノム ,  遺伝学 ,  *遺伝情報 ,  *ヌクレオチド配列 ,  反復配列 ,  *データ構造 ,  ヒト ,  遺伝学実験技術 ,  解析 ,  トウヒ属
準シソーラス用語： *Bloomフィルタ ,  ゲノムインフォマティクス ,  ゲノム解読 ,  *ゲノム構造 ,  ゲノム構築 ,  ゲノム配列 ,  シロトウヒ ,  ヒトゲノム ,  ヒトゲノム解析 ,  *次世代シークエンシング

分類 (4件)： 生物科学研究法一般  (EA03010K) ,  遺伝学研究法  (EC01020N) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (5件)： ドラフト ,  ゲノム ,  ギャップ ,  閉鎖 ,  アプリケーション