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J-GLOBAL ID：201502215932323636   整理番号：15A1400533

リポタンパク質関連ホスホリパーゼA₂の279^Val→Phe多型性により折畳み速度論および基質の認識が変化する

279^Val→Phe Polymorphism of lipoprotein-associated phospholipase A₂ resulted in changes of folding kinetics and recognition to substrate

著者 (5件)： MASBUCHIN Ainun Nizar (Dep. of Biomedical Sci., Fac. of Medicine, Brawijaya Univ., Malang, Indonesia) ,  ROHMAN Mohammad Saifur (Dep. of Cardiology and Vascular Medicine, Fac. of Medicine, Brawijaya Univ., Malang, Indonesia) ,  PUTRI Jayarani Fatimah (Dep. of Biology, Fac. of Mathematics and Natural Sciences, Brawijaya Univ., Malang, Indonesia) ,  CAHYANINGTYAS Miryanti (Dep. of Cardiology and Vascular Medicine, Fac. of Medicine, Brawijaya Univ., Malang, Indonesia) ,  WIDODO (Dep. of Biology, Fac. of Mathematics and Natural Sciences, Brawijaya Univ., Malang, Indonesia)
資料名： Computational Biology and Chemistry  (Computational Biology and Chemistry)
巻： 59  号： PA  ページ： 199-207  発行年： 2015年12月 
JST資料番号： H0201B  ISSN： 1476-9271  CODEN： COCHDK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 諸言 PLA2G7遺伝子は,その基質であるホスファチジルコリン(PC)が炎症促進性基質になるのを触媒することによりアテローム動脈硬化性プラークの形成において役割をもつLp-PLA₂をコードしている。アジア人集団における冠動脈疾患(CAD)のリスクの増加は,この酵素と関連している。279^Val→Phe変異体は,一部分泌不全あるいは酵素機能の消失により,CADに対して防御的役割をもつことが報告されている。そこで,臨床的および計算生物学的アプローチを用いて,279^Val→Pheにおける折畳み速度論および酵素-基質相互作用について検討した。方法 急性心筋梗塞患者103人および対照37人のジェノタイピングにより多型性が検出された。Lp-PLA₂の折畳みは,GROMACSソフトウェアを用いて,らせん性,水素結合形成および安定性を評価することによりシミュレーションした。Lp-PLA₂とその基質との相互作用は,Pyrxソフトウェアとその後のYASARAソフトウェアを用いた分子動力学シミュレーションを用いてシミュレーションした。結果 279^Val→Pheの多型性は,PLA2G7遺伝子の994番目のヌクレオチドがGからTに変化することにより示された。折畳みシミュレーションにより,279^Val→Pheにおけるα-ヘリックス,水素結合形成,水素結合安定性および疎水性の割合の減少が示唆された。PCは,279番目のバリンにおいて逆説的に観察された様に,279^Val→Pheの活性部位と相互作用しなかった。279^Val→Phe多型性は,分子動力学シミュレーションで観察されたように,基質に対する不安定な結合を起こし,酵素活性を低下させると推測された。本計算生物学研究により,本研究における0.22のMIのオッズ比(CI95%0.035-1.37)により示される279^Val→Phe多型性の防御効果が支持された。結論 Lp-PLA₂の279^Val→Phe多型性は,折畳み速度論およびその基質の認識の変化を介して酵素活性の低下につながると推測された。Copyright 2016 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.

シソーラス用語： ホスホリパーゼA2 ,  酵素活性度 ,  *折畳み構造 ,  速度論 ,  急性心筋梗塞 ,  遺伝学実験技術 ,  プログラムパッケージ ,  計算機シミュレーション ,  レシチン ,  水素結合 ,  分子認識 ,  ヒト
準シソーラス用語： GROMACS ,  ジェノタイピング ,  *リポ蛋白質関連ホスホリパーゼA2 ,  *酵素活性 ,  *折畳み速度論 ,  *多型性 ,  分子ドッキング ,  分子動力学シミュレーション

分類 (3件)： 分子構造  (EB03020Y) ,  遺伝的変異  (EC01030Y) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (5件)： リポタンパク質 ,  ホスホリパーゼA2 ,  多型性 ,  折畳み速度論 ,  基質