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J-GLOBAL ID：201502215935742141   整理番号：15A0895047

SAXS-ガイドのメタダイナミクス

SAXS-Guided Metadynamics

著者 (6件)： KIMANIUS Dari (Stockholm Univ., Stockholm, SWE) ,  PETTERSSON Ingrid (Novo Nordisk A/S, Malov, DNK) ,  SCHLUCKEBIER Gerd (Novo Nordisk A/S, Malov, DNK) ,  LINDAHL Erik (Stockholm Univ., Stockholm, SWE) ,  LINDAHL Erik (KTH Royal Inst. of Technol., Solna, SWE) ,  ANDERSSON Magnus (KTH Royal Inst. of Technol., Solna, SWE)
資料名： Journal of Chemical Theory and Computation  (Journal of Chemical Theory and Computation)
巻： 11  号： 7  ページ： 3491-3498  発行年： 2015年07月 
JST資料番号： W2328A  ISSN： 1549-9618  CODEN： JCTCCE  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 溶液中の生体分子の低解像度構造情報を得るのに小角度X線散乱(SAXS)が使用されるが,放射光の使用により,広角X線散乱や時間分解(TR-WAXS)の方法が生体膜にまで使用されるようになった。そこで,X線散乱データを精密化して構造モデルの散乱パターンと比較し,本来の構造を求めることが必要になる。集団変数(CVs)を使用して,溶液中の散乱データの精密化を行うメタダイナミクスに基づく方法として,さらに複雑な蛋白質に適用できるように自由に使用できるソフトウェアのPLUMEDとGROMACSを用いた方法を開発した。シミュレーションで求めた構造を実験的にNMRで得られた結果と比較した。このプロトコールをトリプトファンケージ蛋白質のフォールディングに適用して確認し,有効性を示した。

シソーラス用語： *小角X線散乱 ,  *立体配置 ,  *シミュレーション ,  *動力学
準シソーラス用語： NMR構造 ,  コンフィギュレーション【立体配置】 ,  ダイナミクス ,  小角度X線散乱 ,  蛋白質フォールディング ,  動的構造

分類 (3件)： 分子構造  (EB03020Y) ,  計算機シミュレーション  (JE11000H) ,  生物物理的研究法  (EA03020V)

タイトルに関連する用語 (2件)： SAXS ,  ダイナミクス