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J-GLOBAL ID：201502215987000240   整理番号：15A1167768

TCDBおよびPfanにおける2つの輸送体の分離システムの比較の複雑さ,課題およびメリット

The complexity, challenges and benefits of comparing two transporter classification systems in TCDB and Pfam

著者 (10件)： CHIANG Zachary (Univ. California at San Diego) ,  VASTERMARK Ake (Saier Bioinformatics Lab) ,  PUNTA Marco (European Bioinformatics Inst.(EMBL-EBI)) ,  PUNTA Marco (UPMC Paris, FRA) ,  COGGILL Penelope C. (Wellcome Trust Sanger Inst.) ,  COGGILL Penelope C. (European Bioinformatics Inst.(EMBL-EBI)) ,  MISTRY Jaina (TCDB) ,  FINN Robert D. (European Bioinformatics Inst.(EMBL-EBI)) ,  SAIER Milton H.,Jr (TCDB) ,  SAIER Milton H.,Jr (Univ. California at San Diego)
資料名： Briefings in Bioinformatics  (Briefings in Bioinformatics)
巻： 16  号： 5  ページ： 865-872  発行年： 2015年09月 
JST資料番号： W2342A  ISSN： 1467-5463  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 文献レビュー  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Transpoter Classification Database(TCDB)およびProtein family(Pfam)データベースにおける輸送タンパク質のアノテーションの比較を行った。異なるファミリーの定義および階層構造を調整することにより69のPfamが認識され,これはTCDBアノテーションにより再命名される輸送タンパク質ファミリーであることが分かった。TCDBにより同定された400以上の新しいPfamファミリーのうち,10%は既にPfamに追加され,TCDBによりPfamデータから60の新しいファミリーが生成した。以上より,包括的データベース比較のメリットが初めて示された。

シソーラス用語： *データベース ,  タンパク質 ,  *データ融合 ,  分類 ,  アノテーション ,  階層構造
準シソーラス用語： *Pfam ,  *TCDB ,  *タンパク質分類 ,  蛋白質ファミリー ,  *輸送蛋白質

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N)

タイトルに関連する用語 (3件)： 輸送体 ,  複雑さ ,  メリット