文献

J-GLOBAL ID：201502218624544248   整理番号：15A0762927

MEGAHIT de Bruijnグラフを介した大型で複雑なメタゲノミクスアセンブリングのための超高速の単一ノードソリューション

MEGAHIT: an ultra-fast single-node solution for large and complex metagenomics assembly via succinct de Bruijn graph

著者 (6件)： LI Dinghua (Univ. Hong Kong, HKG) ,  LIU Chi-Man (L3 Bioinformatics Ltd., HKG) ,  LUO Ruibang (L3 Bioinformatics Ltd., HKG) ,  SADAKANE Kunihiko (National Inst. of Informatics, Tokyo, JPN) ,  LAM Tak-Wah (Univ. Hong Kong, HKG) ,  LAM Tak-Wah (L3 Bioinformatics Ltd., HKG)
資料名： Bioinformatics  (Bioinformatics)
巻： 31  号： 10  ページ： 1674-1676  発行年： 2015年05月15日 
JST資料番号： T0478A  ISSN： 1367-4803  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 大型で複雑なメタゲノミクスデータの時間およびコスト効率の高いアセンブリングのためのNGS de novoアセンブラであるNGSMEGAHITについて示した。MEGAHITにより,252Ggpsの土壌メタゲノミクスデータセットのアセンブリングが,グラフィックスプロセシングユニットありおよびなしの単一計算ノード上で,それぞれ44.1および99.6時間で終了した。MEGAHITによりデータがまとめてアセンブリングされ,分配や正規化などの前処理は必要なかった。土壌データのアセンブリングにおいて,MEGAHITにより既存の方法と比較して,長いコンティグN50および平均のコンティグ長をもつ3倍大きなアセンブリが生成し,リードの55.8%がアセンブリにアラインして,4倍の改善が得られた。MEGAHITのソースコードはGPLv3ライセンス下でウェブサイトから自由に入手可能である。

シソーラス用語： *アセンブラ ,  遺伝学 ,  マイクロプロセッサ ,  専用プロセッサ ,  *土壌 ,  *効率 ,  解 ,  遺伝学実験技術
準シソーラス用語： *NGSMEGAHIT ,  グラフィックスプロセッシングユニット ,  *コスト効率 ,  コンティグ ,  ソリューション ,  *メタゲノミクス

分類 (1件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (4件)： グラフ ,  大型 ,  ノード ,  ソリューション