文献

J-GLOBAL ID：201502220142769360   整理番号：15A1217432

不均質な混合物中における蛋白質の立体構造の相対豊度に対する小角X線散乱強度測定からの制約付き最尤推定

Constrained Maximum Likelihood Estimation of Relative Abundances of Protein Conformation in a Heterogeneous Mixture From Small Angle X-Ray Scattering Intensity Measurements

著者 (6件)： EMRE ONUK A. (Northeastern Univ., MA, USA) ,  AKCAKAYA Murat (Univ. Pittsburgh, PA, USA) ,  BARDHAN Jaydeep P. (Northeastern Univ., MA, USA) ,  ERDOGMUS Deniz (Northeastern Univ., MA, USA) ,  BROOKS Dana H. (Northeastern Univ., MA, USA) ,  MAKOWSKI Lee (Northeastern Univ., MA, USA)
資料名： IEEE Transactions on Signal Processing  (IEEE Transactions on Signal Processing)
巻： 63  号： 17/20  ページ： 5383-5394  発行年： 2015年09月01日 
JST資料番号： C0228A  ISSN： 1053-587X  CODEN： ITPRED  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 本論文では,異種蛋白質より成る混合モデルにおいて各蛋白質の相対豊度を推定するために,小角X線散乱(SAXS)強度を利用した。結晶学を通して観察した蛋白質の既知の立体構造のSAXS強度を最尤推定(MLE)に基づいて解析した。まず混合係数のMLEに基づく推定は,制約された凸最適化問題として位置付けられることを実証した。モンテカルロシミュレーションを用い,また2つの数値実験例としてアデニル酸キナーゼ(ADK)の既知の立体構造を用いて,制約されたMLE手法の推定性能解析を行った。結晶学的に同定可能な立体構造がADKの持ちうる立体構造の全てであると仮定して,これらの立体構造のSAXS強度を基底ベクトルとして使用し,混合係数推定のためのMLEを実施した。結果は,基底ベクトルのフルセットを用いた相対豊度推定における識別可能性の問題のために,混合係数の制約が悪条件のFisher情報行列と共に推定に偏りを生じることを示した。

シソーラス用語： *小角X線散乱 ,  むら ,  混合物 ,  タンパク質 ,  立体構造 ,  *豊度 ,  *最尤法 ,  結晶学 ,  最適化問題 ,  シミュレーション ,  アデニル酸キナーゼ ,  ベクトル ,  行列
準シソーラス用語： Fisher情報行列 ,  モンテカルロシミュレーション ,  基底ベクトル ,  *最尤推定 ,  凸最適化問題 ,  不均質

分類 (4件)： X線技術  (BA02060D) ,  数理計画法  (KA03030M) ,  数値計算  (JE02000J) ,  分子構造  (EB03020Y)

タイトルに関連する用語 (7件)： 混合物 ,  蛋白質 ,  立体構造 ,  豊度 ,  小角X線散乱 ,  制約 ,  最尤推定