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J-GLOBAL ID：201502220237073568   整理番号：15A0762917

遺伝子制御ネットワークの推定のためのツリーベースのシステムおよび動的システムの組み合わせ

Combining tree-based and dynamical systems for the inference of gene regulatory networks

著者 (2件)： HUYNH-THU Van Anh (Univ. Edinburgh, Edinburgh) ,  SANGUINETTI Guido (Univ. Edinburgh, Edinburgh)
資料名： Bioinformatics  (Bioinformatics)
巻： 31  号： 10  ページ： 1614-1622  発行年： 2015年05月15日 
JST資料番号： T0478A  ISSN： 1367-4803  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 遺伝子発現データの時系列を利用して遺伝子制御ネットワーク(GRN)を推定するための新しいハイブリッド法Jump3について示した。Jump3では,遺伝子発現のオンオフモデルに基づき,ディシジョンツリーに基づくノンパラメトリック手法を利用してGRNトポロジーを再構築することにより,数百の遺伝子のネットワークを推定することができた。合成データおよび実データを用いた実験により,Jump3は良好なスケーラビリティを示し,最新の方法と同等以上の結果が得られることが示された。Jump3のMATLAB実装はウェブサイトから入手可能である。

シソーラス用語： ネットワーク ,  *遺伝的調節 ,  動的系 ,  *数値解法 ,  スケーラビリティ【計算機】 ,  遺伝学実験技術 ,  ノンパラメトリック法 ,  遺伝子発現 ,  ディシジョンツリー ,  時系列
準シソーラス用語： *Jump3 ,  トポロジー ,  ノンパラメトリック手法 ,  *ハイブリッド法 ,  *遺伝子制御ネットワーク ,  遺伝子発現データ ,  *動的システム

分類 (1件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (4件)： 遺伝子制御ネットワーク ,  推定 ,  動的システム ,  組み合わせ