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J-GLOBAL ID：201502220390762119   整理番号：15A1207455

ミトコンドリアDループ配列からの東部青海推定した甘粛Zokors(Myospalax cansus)の遺伝的多様性と個体群構造【Powered by NICT】

Genetic Diversity and Population Structure of Gansu Zokors (Myospalax cansus) in Eastern Qinghai Inferred from Mitochondrial D-loop Sequences

著者 (5件)： Cai Zhenyuan (Key Lab. of Adaptation and Evolution of Plateau Biota, Northwest Inst. of Plateau Biology, Chinese Acad. of Sciences ...) ,  Zhang Yu (Qinghai Forestry Bureau, Xining) ,  Du Yurong (School of Life and Geography Sciences,Qinghai Normal Univ., Xining) ,  Su Jianping (Key Lab. of Adaptation and Evolution of Plateau Biota, Northwest Inst. of Plateau Biology, Chinese Acad. of Sciences ...) ,  Zhang Tongzuo (Key Lab. of Adaptation and Evolution of Plateau Biota, Northwest Inst. of Plateau Biology, Chinese Acad. of Sciences ...)
資料名： Dongwuxue Zazhi  (Dongwuxue Zazhi)
巻： 50  号： 3  ページ： 337-351  発行年： 2015年 
JST資料番号： W1445A  ISSN： 0250-3263  CODEN： TWHCDZ  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 中国語 (ZH)

抄録/ポイント： 甘粛ゾカー類(zokors)(Myospalax cansus)は,中国の黄土高原に生息する小さな,孤立地下げっ歯類である。M.cansusの遺伝的多様性と集団遺伝学的構造は,東部青海の八か所(Fig.1,表1)から158天然個体のミトコンドリアD-ループ領域の530bp断片の配列変異を解析して決定した。全DNAは0.3gエタノール固定組織からのJoeとDavid法に従って抽出した。Dループ配列はFR(5’-TACCATCCTCCGTGAAACCA-3’)およびRV(5’-CTAATAATAAGGCCAGGACC-3’)プライマーを用いて増幅し,PCRは50μl反応容量で行った。PCR産物はMegaBACE1000DNA解析システムの増幅のための順方向と逆方向プライマーを用いたDNAの両鎖の精製と直接配列決定した。配列は両鎖に記録された70%のオーバーラップした。配列はデフォルト設定によるClustalXを用いてチェックと整列し,手動で精密化した。遺伝的多様性はArlequin3.10と推定され,二種類の多様性指数を使用した:ハプロタイプ多様性(h)およびヌクレオチド多様性(π)。個体群間の遺伝的分化の程度を評価するために,ペアワイズ遺伝的距離(F(ST))は,Arlequin3.10を用いて計算し,それらの重要性は,個体間と集団間で10から000置換を行うことにより推定した。同じプログラムは,遺伝子流動(N_m),F(ST)推定値を計算し,世代当たり個体群間の移動の有効数に相当した。分子変異解析(AMOVA)は集団構造の重要性を調べるために行った。系統地理学的パターンは,ネットワーク4.6.1.1年に行った中央値結合ネットワークアプローチを用いたハプロタイプネットワークを構築することにより検討した。中立進化の仮説は,Arlequin3.10を用い,10-000置換とTajimaのD機能検査とFuのFs試験によって試験した。ハプロタイプ間のペアワイズ置換差のミスマッチ分布もArlequin3.10を用いて調べた。IBD1.52アルゴリズムを用いて,遺伝的距離と地理的距離の間の相関を試験することであった。Data from the ScienceChina, LCAS. Translated by JST【Powered by NICT】

シソーラス用語： *ミトコンドリア ,  ハプロタイプ ,  DNA【核酸】 ,  ネットワーク ,  *個体群
準シソーラス用語： 地理的距離 ,  系統地理学 ,  AMOVA ,  遺伝子流動 ,  遺伝距離 ,  多様性指数 ,  遺伝的構造 ,  *個体群構造 ,  *遺伝多様性 ,  *Dループ , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (5件)： 分子遺伝学一般  (EC02010J) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  動物生態学一般  (EE03010W) ,  魚類  (FH02020K) ,  遺伝的変異  (EC01030Y)

タイトルに関連する用語 (5件)： ミトコンドリア ,  Dループ ,  推定 ,  遺伝的多様性 ,  個体群構造