F.tularensisエノイル-ACPレダクターゼ(Fabl)のMM-PBSA,MM-GBSA,およびQM/MM-GBSA リガンド結合エネルギーに関する半径セット,エントロピー,QM法,およびサンプリングの比較

SU Pin-Chih; TSAI Cheng-Chieh; MEHBOOB Shahila; HEVENER Kirk E.; JOHNSON Michael E.

文献

J-GLOBAL ID：201502221048256640 整理番号：15A1000028

F.tularensisエノイル-ACPレダクターゼ(Fabl)のMM-PBSA,MM-GBSA,およびQM/MM-GBSA リガンド結合エネルギーに関する半径セット,エントロピー,QM法,およびサンプリングの比較

Comparison of radii sets, entropy, QM methods, and sampling on MM-PBSA, MM-GBSA, and QM/MM-GBSA ligand binding energies of F. tularensis enoyl-ACP reductase (FabI)

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資料名：
巻： 36 号： 25 ページ： 1859-1873 発行年： 2015年09月30日
JST資料番号： C0111B ISSN： 0192-8651 CODEN： JCCHDD 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

Fablインヒビターの結合親和性を予測する方法を有効化するために,3つの内在溶媒法,MM-PBSA,MM-GBSA,およびQM/MM-GBSAを,Francisella tularensis Fablと複合体化した16種類のベンズイミダゾール阻害剤を用いて比較した。その結果,各リガンドに関してひとつのシミュレーショントラジェクトリーのみを使用した場合は,予測結果は半径セット,GB法,QMハミルトニアン,サンプリングプロトコール,およびシミュレーション長さに影響され易いことが示唆された。この場合,6ns MDシミュレーショントラジェクトリーをGB^neck2,PM3,およびmbondi2半径セットと一緒に用いると,QM/MM-GBSAは実験値(r²=0.88)と極めてよく一致した。しかし,3つの内在溶媒法が各リガンド(’多重独立サンプリング’と呼ばれる)に関した1ns MDシミュレーションから平均化されるならば,予測結果はすべてのテストされたパラメーターには比較的影響されることはない。更に,MM/GBSAはGB^HCTおよびmbondiと共に,6回の0.25ns MDシミュレーションを利用して,実験値(r²=0.84)に正確な予測も提供することができる。それが故に,その多重独立サンプリング法は,1回の長シミュレーション法よりも効率的である。将来的足場拡大は,ベンズイミダゾールの物理化学的特性(電荷,など)および結合様式を多分有意に変化させ,そのことは様々なパラメーターの感度に影響するだろうから,比較的影響の少ない’多重独立サンプリング法’は,全く新しい確認研究の必要性を避けることができる。また,大きく揺らぐエントロピー値のために,(QM/MM)-P(G)BSAはインヒビターの相対アフィニティ予測は制限を受けなかった。考案されたプロトコールは,進行するベンズイミダゾール誘導最適化プログラムをサポートするものと考えられる。Copyright 2015 Wiley Publishing Japan K.K. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.

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分子・遺伝情報処理

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