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J-GLOBAL ID：201502221360715252   整理番号：15A1022229

PDIviz タンパク質とDNAの結合界面の解析および可視化

PDIviz: analysis and visualization of protein-DNA binding interfaces

著者 (3件)： RIBEIRO Judemir (Pontificia Universidad Catolica de Chile, Santiago, CHL) ,  MELO Francisco (Pontificia Universidad Catolica de Chile, Santiago, CHL) ,  SCHUELLER Andreas (Pontificia Universidad Catolica de Chile, Santiago, CHL)
資料名： Bioinformatics  (Bioinformatics)
巻： 31  号： 16  ページ： 2751-2753  発行年： 2015年08月15日 
JST資料番号： T0478A  ISSN： 1367-4803  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： タンパク質とDNA複合体の溶媒接触可能表面積を遊離タンパク質および遊離DNAと比較することによりタンパク質とDNAの結合界面を解析する,PyMOL分子可視化システムのためのプラグインPDIvizについて示した。PDIvizにより,DNA塩基および骨格,主溝および副溝,異なるファルマコフォアタイプの原子との相互作用を明らかにするための,3種類の三次元可視化様式が得られた。各様式には,結合界面のタンパク質あるいはDNA側やヌクレオチド配列の視覚解析に焦点を合わせるための3種類のスタイルがある。PDIvizにより印刷レベルの品質の画像の生成が可能となり,全ての計算データはディスクに書き込まれ,コマンドラインインターフェースは作業の自動化のために提供される。PDIvizは,DNA塩基および形状読み出しに関与する領域の詳細な特定に有用で,相互作用の全体様式の迅速な特定において特に有用である。PDIvizはPyMOLプラグインとしてウェブサイトから自由に入手可能である。

シソーラス用語： 応用プログラム ,  *タンパク質 ,  *DNA【核酸】 ,  可視化 ,  *界面 ,  *結合部位 ,  溝 ,  分子構造 ,  相互作用
準シソーラス用語： *PDIviz ,  ファーマコホア ,  プラグインソフトウェア ,  三次元可視化 ,  主溝【DNA】 ,  副溝【DNA】 ,  *分子可視化

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  遺伝学研究法  (EC01020N)

タイトルに関連する用語 (5件)： タンパク質 ,  DNA ,  結合界面 ,  解析 ,  可視化