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J-GLOBAL ID：201502221410980335   整理番号：15A1258930

GCリッチ(および他の)原核生物ゲノムの定量的フレーム分析およびアノテーション Anaeromyxobacter dehalogenansへの応用

Quantitative frame analysis and the annotation of GC-rich (and other) prokaryotic genomes. An application to Anaeromyxobacter dehalogenans

著者 (2件)： ODEN Steve (Univ. Florida, FL, USA) ,  BROCCHIERI Luciano (Univ. Florida, FL, USA)
資料名： Bioinformatics  (Bioinformatics)
巻： 31  号： 20  ページ： 3254-3261  発行年： 2015年10月15日 
JST資料番号： T0478A  ISSN： 1367-4803  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： オープンリーディングフレーム(ORF)構造と関連した3塩基周期性の配列領域における同定および統計的特性化のための定量法を開発した。新しく同定されたORFおよびコドン領域の既存アノテーションの間の図形表現不一致において明らかにするNプロファイル解析計算ツール(NPACT)において,この方法を実施した。プロテオバクテリアAnaeromyxobacter dehalogenansの最近アノテーションされた菌株へNPACTを応用し,ゲノム保存ORFにおいて同定した。

シソーラス用語： *原核生物 ,  *ゲノム ,  *遺伝子 ,  *アノテーション ,  *細菌 ,  塩基 ,  周期 ,  コドン ,  仕様 ,  計算 ,  解析 ,  微生物
準シソーラス用語： *Anaeromyxobacter dehalogenans ,  *オープンリーディングフレーム ,  プロテオバクテリア ,  プロファイル【情報技術】 ,  解析計算 ,  菌株

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  微生物の生化学  (EG03020N)

タイトルに関連する用語 (8件)： GC ,  原核生物 ,  ゲノム ,  定量 ,  フレーム分析 ,  アノテーション ,  Anaeromyxobacter ,  応用