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J-GLOBAL ID：201502221458900015   整理番号：15A1102253

Rd-アポチトクロームb₅₆₂の隠れた中間体間の配座転移に対するネットワーク表現

Network representation of conformational transitions between hidden intermediates of Rd-apocytochrome b₅₆₂

著者 (4件)： DUAN Mojie (Gustaf H. Carlson School of Chemistry and Biochemistry, Clark Univ., 950 Main Street, Worcester, Massachusetts 01610 ...) ,  LIU Hanzhong (Gustaf H. Carlson School of Chemistry and Biochemistry, Clark Univ., 950 Main Street, Worcester, Massachusetts 01610 ...) ,  LI Minghai (Gustaf H. Carlson School of Chemistry and Biochemistry, Clark Univ., 950 Main Street, Worcester, Massachusetts 01610 ...) ,  HUO Shuanghong (Gustaf H. Carlson School of Chemistry and Biochemistry, Clark Univ., 950 Main Street, Worcester, Massachusetts 01610 ...)
資料名： Journal of Chemical Physics  (Journal of Chemical Physics)
巻： 143  号： 13  ページ： 135101-135101-10  発行年： 2015年10月07日 
JST資料番号： C0275A  ISSN： 0021-9606  CODEN： JCPSA6  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Rd-アポチトクロームb₅₆₂の折畳み反応論には2状態があるが,自然状態水素交換実験から,自然状態と平衡にある離散した部分非折畳み(PUF)構造が存在していることがわかった。これらPUF構造は,反応速度実験では検出されずに,律速段階以降に存在するため,隠れた中間体と称される。Rd-アポチトクロームb₅₆₂の模擬体の構造はNMRで解析された。相対的安定性と構造的特徴にもとづいて,折畳み機構は,特定の経路(非折畳み→律速遷移状態→PUF1→PUF2→自然状態)に従うと提案されている。折畳み機構における平衡PUF構造の役割およびその相互関連を調べることは,折畳み機構の詳細に対する理解を深めるのみならず,蛋白質設計および誤折畳みを防止する指針も提供する。主としてAntonによる全37.18μsの時間に対して,明瞭な溶媒中で,隠れた中間体およびRd-アポチトクロームb₅₆₂から開始する分子動力学シミュレーションを実施した。シミュレーションは,実験データおよび他の計算と詳細に比較して評価した。律速遷移状態以降の領域のみの結果を使用したことは検証した。Markov状態モデルをシミュレーション結果の解析に用いた。特定経路モデルをネットワークモデルで置換した。遷移経路理論を使用して,ネットワーク中で最も非折畳みの状態から最も折畳み状態への実質有効流束を計算した。PUF1から,さらに安定でさらに自然類似のPUF2を経由する逐次的折畳み経路を,ネットワーク中の一つの経路として提案したが,支配的ではなかった。支配的経路はPUF2を経由するが,PUF1を通してではなかった。ネットワーク中で,PUF2を経由せずに,PUF1から直接最も折畳みの状態に達する経路も存在した。結果として,PUF状態は折畳みにおいて,必ずしも逐次的である必要はないことが示唆された。ネットワーク中で予測される主経路は,単一分子実験など今後の実験で検証可能である。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： ミトコンドリア遺伝子 ,  *再設計 ,  *チトクロームb ,  *中間体 ,  *ネットワーク構造 ,  *折畳み構造 ,  *速度論 ,  交換反応 ,  デコンボリューション ,  律速 ,  遷移状態 ,  分子設計 ,  *計算機シミュレーション ,  確率モデル ,  モデル ,  遷移状態理論 ,  研究 ,  プログラムパッケージ ,  アミノ酸残基 ,  Markov過程 ,  緩和時間 ,  *分子構造 ,  *配座転移
準シソーラス用語： AMBER ,  Markovモデル ,  アポチトクロームb遺伝子 ,  タンパク質ドメイン ,  *チトクロームb562 ,  ネットワークモデル ,  水素交換 ,  *折畳み速度論 ,  *折畳み中間体 ,  単一分子研究 ,  *蛋白質構造 ,  蛋白質設計 ,  非折畳み ,  *分子動力学シミュレーション

分類 (3件)： 分子構造  (EB03020Y) ,  計算機シミュレーション  (JE11000H) ,  固相転移  (BL04020G)

タイトルに関連する用語 (4件)： チトクロームb562 ,  中間体 ,  配座転移 ,  表現