文献

J-GLOBAL ID：201502236144255987   整理番号：15A0584661

デング熱ウイルスにおけるコドン使用頻度の大規模ゲノム解析ならびにその系統学的依存性の評価

Large-Scale Genomic Analysis of Codon Usage in Dengue Virus and Evaluation of Its Phylogenetic Dependence

著者 (6件)： LARA-RAMIREZ Edgar E. (National Polytechnic Inst., TAMPS, MEX) ,  SALAZAR Ma Isabel (National Polytechnic Inst., New Mexico, MEX) ,  LOPEZ-LOPEZ Maria de Jesus (National Polytechnic Inst., TAMPS, MEX) ,  SALAS-BENITO Juan Santiago (National Polytechnic Inst., New Mexico, MEX) ,  SANCHEZ-VARELA Alejandro (National Polytechnic Inst., TAMPS, MEX) ,  GUO Xianwu (National Polytechnic Inst., TAMPS, MEX)
資料名： BioMed Research International (Web)  (BioMed Research International (Web))
巻： 2014  号： Genomics  ページ： 851425 (WEB ONLY)  発行年： 2014年 
JST資料番号： U7008A  ISSN： 2314-6133  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 利用可能なデング熱ウイルス(DENV)ゲノム配列の数が増加しており,DENVの進化に寄与する因子を同定することができるようになった。本研究では,血清型1-4(DENV1-4)におけるコドン使用頻度を,配列が決定された3047ゲノムについて異なる統計方法を用いて検討した。トータルのGC含量(GC)対コドンの3つのヌクレオチド位置(GC1,GC2,およびGC3)でのGC含量,およびコドンの有効数(ENC,ENCp)対GC3のプロットの相関分析から突然変異バイアスならびにコドン使用頻度に影響を与える主要な力としての選択圧が明らかになったが,コドン内の特定のヌクレオチド位置への選択圧はそれぞれ異なっていた。各血清型内の相対的同義コドン使用頻度(RSCU)への対応分析(CA)とクラスタリング分析は,DENV1-4のヌクレオチド配列の系統発生分析に類似したクラスタリングパターンを示した。これらのクラスタリングパターンは,ウイルスの地理的起源と強く関連していた。系統学的依存性分析はまた,安定化選択がコドン使用の偏りに作用することを示唆している。この大規模な分析は,DENVゲノム進化における新たな機構を明らかにした。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： *フラビウイルス ,  コドン ,  頻度 ,  解析 ,  遺伝学 ,  ヌクレオチド配列 ,  塩基組成 ,  突然変異 ,  血清型 ,  分析 ,  クラスタ化 ,  *分子進化 ,  *ゲノム ,  系統発生
準シソーラス用語： GC含量 ,  ゲノム解析 ,  *ゲノム進化 ,  コドン利用性 ,  *デング熱ウイルス ,  系統発生分析 ,  対応分析 ,  大規模解析

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  進化論一般  (EC03010Q)

タイトルに関連する用語 (7件)： デング熱ウイルス ,  コドン使用頻度 ,  大規模 ,  ゲノム解析 ,  系統学 ,  依存性 ,  評価