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J-GLOBAL ID：201502237806836604   整理番号：15A0362244

変動条件下の配位子結合に関する異なるMarkovモデルの速度論の比較

Comparison of the kinetics of different Markov models for ligand binding under varying conditions

著者 (2件)： MARTINI Johannes W. R. (Max Planck Inst. for Developmental Biology, Tuebingen, DEU) ,  HABECK Michael (Felix Bernstein Inst. for Mathematical Statistics in the Biosciences, Univ. of Goettingen, Goettingen, DEU)
資料名： Journal of Chemical Physics  (Journal of Chemical Physics)
巻： 142  号： 9  ページ： 094104-094104-6  発行年： 2015年03月07日 
JST資料番号： C0275A  ISSN： 0021-9606  CODEN： JCPSA6  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 著者らは最近,少ない物理的仮定から巨大分子配位子結合動力学に関するMarkovモデルを導き,この定常分布はグランドカノニカルアンサンブルであること[J.W.R.Martini, M.Habeck,およびM.Schlather, J.Math.Chem. 52, 665 (2014)]を示した。提案したMarkov過程の遷移確率は特定のGlauber動力学を定義し,Metropolis-Hastingsアルゴリズムへの何らかの類似性をもっている。本論文では,このモデルが(擬)速度方程式の確率的類似物および異なる方程式の対応するシステムであることを示した。さらに,化学速度論の一般的確率論的シミュレーションの限界の場合として見ることもできる。かくて,このモデルは確率論および決定論的アプローチ,およびグランドカノニカルアンサンブルで記述される速度論と平衡を結びつける。温度と配位子活性でパラメータ化される今回のモデルの遷移行列のファミリーは,実験的に観測される速度論と定性的に類似の方法で,これらのパラメータの変化に応答する配位子結合速度論を生成することを示した。一方,Metropolis-HastingsアルゴリズムもGlauber熱浴のどちらも,外部条件の変化を正しく反映しない。両方とも定常分布に迅速に収束し,これは主な興味が平衡状態にある場合には利点であるが,配位子結合の速度論を現実的に記述することには失敗する。多重な因子の可逆的確率論的結合を含む細胞過程をシミュレートするために,著者らの擬速度方程式モデルは,定常分布が唯一の興味でなければ,Metropolis-HastingsアルゴリズムおよびGlauber熱浴を選ぶべきであろう。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： *配位子 ,  *高分子 ,  *動力学 ,  *確率モデル ,  Markov過程 ,  遷移確率 ,  レート方程式 ,  確率論 ,  状態推移行列 ,  熱浴
準シソーラス用語： *巨大分子 ,  *Markovモデル ,  Glauber動力学 ,  速度方程式 ,  遷移行列

分類 (1件)： 反応速度論・触媒一般  (CB06010G)

タイトルに関連する用語 (3件)： 配位子 ,  Markovモデル ,  速度論