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J-GLOBAL ID：201502238764537128   整理番号：15A0370745

ダイズの小型RNAのアトラスは何百ものコード遺伝子からPhased siRNAsを同定する

An Atlas of Soybean Small RNAs Identifies Phased siRNAs from Hundreds of Coding Genes

著者 (12件)： ARIKIT Siwaret (Univ. Delaware, Delaware) ,  XIA Rui (Univ. Delaware, Delaware) ,  KAKRANA Atul (Univ. Delaware, Delaware) ,  HUANG Kun (Univ. Delaware, Delaware) ,  ZHAI Jixian (Univ. Delaware, Delaware) ,  YAN Zhe (Univ. Missouri, Missouri) ,  VALDES-LOPEZ Oswaldo (Universidad Nacional Autonoma de Mexico, Tlalnepantla, MEX) ,  PRINCE Silvas (Univ. Missouri, Missouri) ,  MUSKET Theresa A. (Univ. Missouri, Missouri) ,  NGUYEN Henry T. (Univ. Missouri, Missouri) ,  STACEY Gary (Univ. Missouri, Missouri) ,  MEYERS Blake C. (Univ. Delaware, Delaware)
資料名： Plant Cell  (Plant Cell)
巻： 26  号： 12  ページ： 4584-4601  発行年： 2014年12月 
JST資料番号： T0767A  ISSN： 1040-4651  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 文献レビュー  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 著者らはダイズにおいて,マイクロRNA(miRNAs),小型干渉RNA(siRNAs)を含む小型RNAについて,発現アトラスの作成,解析を行った。ダイズにおけるPHAS lociはあまり解析されていなかったが,著者らはPHAS loci由来のphased siRNAs(phasiRNAs)の同定,およびparallel analysis of RNA end(PARE)データを用いた解析から127のPHAS lociトリガーmiRNAを検出した。主要なPHAS lociのクラスはNB-LRR遺伝子で,これらの小型RNAは根粒に蓄積していた。さらに,TAS3の新規の代表種および新規のphasingパターンが検出された。miR4392でトリガーされる非コーディングPHAS locusは葯に蓄積した。PHAS loci由来のphasiRNAsは非常に多様で,機能も特定化されていることがわかった。

シソーラス用語： *ダイズ ,  RNA【核酸】 ,  *アンチセンスRNA ,  siRNA ,  遺伝子座 ,  データ ,  アミノ酸配列 ,  生体内分布
準シソーラス用語： miRNA ,  PAREデータ ,  PHAS loci ,  *phasiRNA ,  スモールRNA ,  ロイシンリッチリピート

分類 (2件)： 植物の生化学  (EH01050J) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (5件)： ダイズ ,  RNA ,  アトラス ,  遺伝子 ,  同定