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J-GLOBAL ID：201502243089085356   整理番号：15A0480804

有効アミノ酸インデックスを用いた平行二量体と三量体コイルドコイルの数量的特性化

Computational characterization of parallel dimeric and trimeric coiled-coils using effective amino acid indices

著者 (5件)： LI Chen (Dep. of Biochemistry and Molecular Biology, Fac. of Medicine, Monash Univ., Melbourne, VIC 3800, Australia. ...) ,  WANG Xiao-Feng ,  CHEN Zhen ,  ZHANG Ziding ,  SONG Jiangning
資料名： Molecular BioSystems  (Molecular BioSystems)
巻： 11  号： 2  ページ： 354-360  発行年： 2015年02月20日 
JST資料番号： W2331A  ISSN： 1742-206X  CODEN： MBOIBW  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 互いに巻きつく2つあるいはそれ以上のαヘリックスからなるコイルドコイルは自然界に偏在し,最も頻繁に見られる蛋白質-蛋白質相互作用モチーフである。コイルドコイルは明白な7残基リピートパターンが知られていて,種々のオリゴマー状態とトポロジーを示す蛋白質一次配列により容易に認めることができる。αヘリックス間で形成される安定な相互作用のため,コイルドコイルは材料科学,合成生物学,医学の分野での潜在的応用に向けて新しい蛋白質構造をデザインするため綿密に精査されている。しかしながら,その広域応用には,コイルドコイルフォールディングとオリゴマー形成の配列-構造関係の徹底したシステマティックな分析が必要である。この論文で著者らは,RFCoilと名付けた新しいオリゴマー化状態予測子を提案する,それはコイルドコイル領域のオリゴマー状態を予測するための機械学習アルゴリズム-ランダムフォレスト-と組合せた最も有用で非冗長のアミノ酸インデックスを利用する。ベンチマーク実験は,それぞれトレーニングデータセットを用いた10倍参照検証で0.849,検証データセットを用いた非依存性テストで0.855のAUC(ROC曲線下面積)に達することを示した。効率比較結果は,RFCoilが4つの現存予測因子LOGICOIL,PrOCoil,SCORER 2.0,Multicoil2よりも優れていることを示した。さらに著者らはオリゴマー形成の基礎となる仕立てられたRFモデルから多くの優れたルールを抽出した。著者らはまたコイルドコイルオリゴマー化状態の予測に対して抽出されたルールの適用範囲を図示する2つの事例研究を示した。RFCoilのウェブサーバー,ソースコード,データセットはhttp://protein.cau.edu.cn/RFCoil/でアカデミックユーザーが自由に利用できる。Copyright 2015 Royal Society of Chemistry All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST

シソーラス用語： *超螺旋 ,  指標 ,  アミノ酸 ,  予測技法 ,  *計算機アルゴリズム ,  *オリゴマ化 ,  集合 ,  アミノ酸配列 ,  特性曲線
準シソーラス用語： RFCoil ,  ROC曲線 ,  アミノ酸インデックス ,  コイルドコイル ,  データセット ,  ランダムフォレスト ,  予測子

分類 (2件)： 分子構造  (EB03020Y) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (6件)： 有効アミノ酸 ,  インデックス ,  二量体 ,  三量体 ,  コイルドコイル ,  特性化