文献

J-GLOBAL ID：201502243743024817   整理番号：15A0497929

遷移経路理論シミュレーションからのミオグロビンにおけるCO入場,内部拡散及び退場の完全な反応速度論

Full Kinetics of CO Entry, Internal Diffusion, and Exit in Myoglobin from Transition-Path Theory Simulations

著者 (4件)： YU Tang-Qing (New York Univ., New York, USA) ,  LAPELOSA Mauro (Drexel Univ., Pennsylvania, USA) ,  VANDEN-EIJNDEN Eric (New York Univ., New York, USA) ,  ABRAMS Cameron F. (Drexel Univ., Pennsylvania, USA)
資料名： Journal of the American Chemical Society  (Journal of the American Chemical Society)
巻： 137  号： 8  ページ： 3041-3050  発行年： 2015年03月04日 
JST資料番号： C0254A  ISSN： 0002-7863  CODEN： JACSAT  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 直線的な分子動力学シミュレーションにおける時間規模問題を回避するためにVoronoi細胞Markovのマイルストーン化法をやや拡張してミオグロビン(Mb)空洞と溶媒の間のCO移動の速度の計算に適用した。この方法が一つの網を形成する多重経路を扱うことができることを示し,リガンド入場速度における計算におけるリガンド濃度及び拡散を考慮に入れて説明する方法論を開発した。COを伴うMbの初期構造をPDB(2MBS)から採用した。空洞と溶媒の間の全ての平均初通過時間を報告し,遷移経路理論分析から計算した速度に基づいた完全な速度論的網を構築した。この速度論から優勢な入場・退場経路が「ヒスチジンゲート」を通じるものであることが明らかになった。さらに紐法を用いてこのゲート通過過程の詳細な分析も行い,バイオ分子過程における速度論推算における全原子マイルストーン化シミュレーションに対するパラダイムを提供した。

シソーラス用語： *ミオグロビン ,  遷移状態 ,  一酸化炭素 ,  反応経路 ,  反応速度論 ,  Voronoi図 ,  拡散 ,  *分子動力学 ,  Markov過程

分類 (1件)： 分子構造  (EB03020Y)

タイトルに関連する用語 (8件)： 遷移 ,  経路 ,  理論 ,  シミュレーション ,  ミオグロビン ,  CO ,  拡散 ,  反応速度論