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J-GLOBAL ID：201502244109659121   整理番号：15A0640860

脂質二分子層およびオクタノールへのイオン化アルギニン及びリジン側鎖分配の計算的予測のための力場評価

Evaluating Force Fields for the Computational Prediction of Ionized Arginine and Lysine Side-Chains Partitioning into Lipid Bilayers and Octanol

著者 (3件)： SUN Delin (Univ. New South Wales, ACT, AUS) ,  FORSMAN Jan (Lund Univ., Lund, SWE) ,  WOODWARD Clifford E. (Univ. New South Wales, ACT, AUS)
資料名： Journal of Chemical Theory and Computation  (Journal of Chemical Theory and Computation)
巻： 11  号： 4  ページ： 1775-1791  発行年： 2015年04月 
JST資料番号： W2328A  ISSN： 1549-9618  CODEN： JCTCCE  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： イオンチャンネルや膜孔形成ペプチドの既報知見から予測した膜結合蛋白質の疎水性アミノ酸残基と膜との相互作用と膜透過における寄与を,イオン化ArgおよびLys側鎖と,DPPC脂質二分子層モデル系を用いて分子動力学シミュレーションした。脂質/蛋白質力場としてCHARMM36/CHARMM36,SLIPID/AMBER99SB-ILDN,OPLS-AA/OPLS-AA,Berger/OPLS-AA,Berger/GROMOS87,Berger/GROMOS53A6,GROMOS53A6/GROMOS53A6,非分極性MARTINI,分極性MARTINI,およびBMW MARTINIを用いた。各脂質/蛋白質力場におけるアンブレラサンプリングシミュレーションにより二分子層を介する側鎖アミノ酸輸送をシミュレートした。Wimley-White界面スケールを用いたシミュレーションとの比較から,CHARMM36/CHARMM36およびSLIPID/AMBER99SB-ILDNモデルが最適であることが分かった。各シミュレーション結果から,水分子のオクタノール相への迅速な拡散を明らかにし,オクタノールにおける水含量増加がカチオン性残基に対する水からオクタノールに分配する自由エネルギーを減らすことも分かった。これら知見は蛋白質と脂質二重層の相互作用機構の解明に役立つ。

シソーラス用語： 力の場 ,  標本抽出 ,  脂質二分子膜 ,  アミノ酸残基 ,  アミノ酸 ,  *膜透過 ,  溶媒効果 ,  有機溶媒 ,  水分子 ,  モデル化合物 ,  イオン間相互作用 ,  側鎖 ,  自由エネルギー ,  予測技法 ,  *アミノ酸組成 ,  *疎水性相互作用 ,  *タンパク質 ,  脂肪酸 ,  レシチン ,  脂肪族アミン ,  脂肪族カルボン酸 ,  第一アミン ,  脂肪族アルコール
準シソーラス用語： アンブレラサンプリング ,  疎水性アミノ酸

分類 (2件)： 細胞膜の輸送  (EF04020R) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

物質索引 (4件)： DPPC ,  アルギニン ,  オクタノール ,  リジン

タイトルに関連する用語 (11件)： 脂質二分子層 ,  オクタノール ,  イオン化 ,  アルギニン ,  リジン ,  側鎖 ,  分配 ,  計算 ,  予測 ,  力場 ,  評価