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J-GLOBAL ID：201502249708120615   整理番号：15A0448318

授粉されたペチュニア花冠での初期の動的トランスクリプトーム変化をRNA配列決定が明らかにする

RNA-sequencing reveals early, dynamic transcriptome changes in the corollas of pollinated petunias

著者 (6件)： BRODERICK Shaun R (Ohio State Univ., OH, USA) ,  WIJERATNE Saranga (Ohio State Univ., OH, USA) ,  WIJERATN Asela J (Ohio State Univ., OH, USA) ,  CHAPIN Laura J (Ohio State Univ., OH, USA) ,  MEULIA Tea (Ohio State Univ., OH, USA) ,  JONES Michelle L (Ohio State Univ., OH, USA)
資料名： BMC Plant Biology (Web)  (BMC Plant Biology (Web))
巻： 14  号： Nov  ページ： WEB ONLY 14:307  発行年： 2014年11月 
JST資料番号： U7027A  ISSN： 1471-2229  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:多くの被子植物で授粉は花冠老化を速めることによって花の寿命を減少させる。この応答は花の器官間でホルモンシグナル伝達を必要とし,種子を発達させるために栄養を含む再動員をする花びら内の細胞小器官や高分子の分解を引き起こす。花びら遺伝子発現における授粉誘導初期変化を検討するため,開花後12,18と24時間の授粉されたPetunia × hybrida花と非授粉対照の花冠の間で示差的に発現された転写産物を同定するために,ハイスループットな配列決定を利用した。結果:全体で,約5億のIllumina 101bpリードを生成し,de novoでアセンブリし,アノテーションした結果,およそ33Kの遺伝子のESTライブラリーになった。Bioconductor RパッケージDESeq2における授粉及び非授粉ライブラリーの間の比較とそれに続く同じ時点の授粉及び非授粉ライブラリーのペアワイズ比較(すなわち12-P/U,18-P/Uと24-P/U)を用いて,4700以上のユニークな示差的に発現した遺伝子を同定した。500以上の遺伝子オントロジー用語をエンリッチした。オーキシン刺激への応答と1-アミノシクロプロパン-1-カルボン酸の用語は授粉後時間(hap)12時間でエンリッチされた。重みつけ遺伝子相関分析(WGCNA)を用いて3つの授粉特異的モジュールを同定した。モジュールIは授粉した花冠で12,18,24時間に発現増加を示し,モジュールIIとIIIは授粉18時間の花冠で発現のピークがあった。合計15のエンリッチされたKEGG経路が同定された。これらの経路からの遺伝子の多くは代謝過程またはシグナル伝達に関係していた。300以上の示差的に発現した転写因子を同定した。結論:花冠の遺伝子発現変化は12hap以内に検出され,受精,花冠のしおれ,エチレン放出前によく検出された。遺伝子発現の有意な変化が18hapで起り,オートファジーの上方制御とリボソーム遺伝子と炭素固定に関係する遺伝子の下方制御を含んでいた。このトランスクリプトームデータベースはペチュニアで利用できる遺伝資源を大いに拡大するだろう。加えて,花冠老齢化を遅らせることによって花の寿命を長くするための最高の標的を同定することを目的とする将来の研究を導くだろう。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： *遺伝学実験技術 ,  トランスクリプトーム ,  *ペチュニア ,  受粉 ,  花 ,  植物ホルモン ,  *遺伝子発現 ,  *花弁 ,  オーキシン ,  データベース ,  オートファジー ,  転写因子 ,  脂環式化合物 ,  アミノカルボン酸 ,  第一アミン ,  Petunia hybrida ,  *RNA配列解析 ,  カルシウムシグナリング ,  シグナル伝達 ,  花冠 ,  生命システム情報統合データベース ,  *RNA-seq ,  ハイスループットヌクレオチド配列決定法 ,  *分子遺伝現象
準シソーラス用語： 細胞情報伝達 ,  KEGG ,  *RNAシークエンシング ,  WGCNA ,  ハイスループット塩基配列決定

分類 (2件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  発生,成長,分化  (EH02030U)

物質索引 (1件)： 1-アミノシクロプロパン-1-カルボン酸

タイトルに関連する用語 (6件)： 授粉 ,  ペチュニア ,  花冠 ,  初期 ,  トランスクリプトーム ,  RNA