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J-GLOBAL ID：201502250401949920   整理番号：15A0658909

deMon2KによるQM/MM計算

QM/MM Calculations with deMon2k

著者 (13件)： SALAHUB Dennis R. (Univ. Calgary, AB, CAN) ,  NOSKOV Sergei Yu. (Univ. Calgary, AB, CAN) ,  LEV Bogdan (RMIT Univ., VIC, AUS) ,  ZHANG Rui (Univ. Calgary, AB, CAN) ,  NGO Van (Univ. Calgary, AB, CAN) ,  GOURSOT Annick (8 rue de l’Ecole Normale, Montpellier, FRA) ,  CALAMINICI Patrizia (Av. Instituto Politecnico Nacional, Mexico, MEX) ,  KOESTER Andreas M. (Av. Instituto Politecnico Nacional, Mexico, MEX) ,  ALVAREZ-IBARRA Aurelio (Av. Instituto Politecnico Nacional, Mexico, MEX) ,  MEJIA-RODRIGUEZ Daniel (Av. Instituto Politecnico Nacional, Mexico, MEX) ,  REZAC Jan (Gilead Sci. and IOCB Res. Center, Acad. of Sci. of the Czech Republic, Prague, CZE) ,  CAILLIEZ Fabien (Univ. Paris-Sud, Orsay, FRA) ,  DE LA LANDE Aurelien (Univ. Paris-Sud, Orsay, FRA)
資料名： Molecules (Web)  (Molecules (Web))
巻： 20  号： 3  ページ： 4780-4812 (WEB ONLY)  発行年： 2015年03月 
JST資料番号： U7014A  ISSN： 1420-3049  CODEN： MOLEFW  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 文献レビュー  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 密度汎関数コードdeMon2Kは,必要な精度を犠牲にすることなく大きな速度の利点を与える(補助密度汎関数理論による)適合密度を利用する。強力な量子力学/分子力学(QM/MM)法をレビューした。精度を維持しながら効率的にするdeMon2K基礎特徴の総括に従い,3つのQM/MM実行を比較,対比した。泰一に,deMon2KをCHARMM MMコードとインタフェイスをとった。第二に,MMを,deMon2Kソフトウェア内で直接,コード化し,第三に,Ruby(Cuby)ラッパーにおける化学を利用し計算を導いた。また,Cubyを,制約付DFT/MM計算の文脈で利用した。これらの各実行を簡単に説明した。賛否両論を検討し,2,3の最近の応用を簡単に説明した。応用は,pilyQ神経変性疾患,銅モノオキシゲナーゼ,クリプトクロームにおける超高速電子移動で重要な溶媒和イオンと生体分子(ポリグルタミンペプチド)を含んだ。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： 神経系疾患 ,  モノオキシゲナーゼ ,  フラビンタンパク質 ,  *計算 ,  *密度汎関数法 ,  *計算機コード ,  精度 ,  速度 ,  *分子内力学 ,  *レビュー ,  プログラムパッケージ ,  符号化 ,  計算機プログラム ,  電子移動 ,  溶媒和 ,  分子 ,  ポリアミノ酸
準シソーラス用語： 神経変性疾患 ,  クリプトクローム ,  *密度汎関数計算 ,  *計算コード ,  *量子力学/分子力学法 ,  CHARMM ,  コード化 ,  ラッパー ,  イオン溶媒和 ,  生体分子 ,  ポリグルタミン

分類 (2件)： 計算機ソフトウエア一般  (JD01010K) ,  分子の電子構造  (BH05010Q)

タイトルに関連する用語 (1件)： 計算