文献

J-GLOBAL ID：201502251157367694   整理番号：15A0435057

プロテオミックスおよび大きいトランスクリプトミクスデータセットからの肺上皮細胞における遺伝子セット濃縮の種間推測

Inter-species inference of gene set enrichment in lung epithelial cells from proteomic and large transcriptomic datasets

著者 (8件)： HORMOZ Sahand (Kohn Hall, Univ. California, CA, USA) ,  BHANOT Gyan (Rutgers Univ., NJ) ,  BIEHL Michael (Univ. Groningen, Groningen, NLD) ,  BILAL Erhan (IBM, NY, USA) ,  MEYER Pablo (IBM, NY, USA) ,  NOREL Raquel (IBM, NY, USA) ,  RHRISSORRAKRAI Kahn (IBM, NY, USA) ,  DAYARIAN Adel (Kohn Hall, Univ. California, CA, USA)
資料名： Bioinformatics  (Bioinformatics)
巻： 31  号： 4  ページ： 492-500  発行年： 2015年02月15日 
JST資料番号： T0478A  ISSN： 1367-4803  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 種々の刺激下での正常ヒト肺上皮(NHBE)初代細胞のホスホプロテオミクスおよびトランスクリプトミクス測定とラット(NRBE)初代細胞における対応する測定に焦点をおいた研究におけるプロセス検証のための工業的方法に対するシステムバイオロジー検証(sbv IMPROVER)種翻訳課題の一部としての差次的遺伝子セット濃縮を予測するアルゴリズムを開発した。遺伝子セットは個々の遺伝子と比べて高い種間相関を示し,直接予測に適していることを見出した。さらに,刺激への曝露5分および25分後の蛋白質リン酸化状態における種交差応答と対照的に,曝露6時間後の遺伝子セット濃縮はNRBEと比べてNHBEで有意差があった。この相違にもかかわらず,簡単な解析法を用いて,高い精度でNHBEにおける遺伝子セット活性化を予測する堅牢なアルゴリズムを開発することができた。

シソーラス用語： *プロテオミクス ,  遺伝学実験技術 ,  解析 ,  *トランスクリプトーム ,  集合 ,  データ ,  *上皮細胞 ,  *肺胞 ,  *遺伝子 ,  刺激 ,  初代培養 ,  ヒト ,  ラット ,  リンタンパク質 ,  生物学 ,  アルゴリズム ,  リン酸化 ,  翻訳後修飾
準シソーラス用語： システムバイオロジー ,  データセット ,  *トランスクリプトミクス ,  ホスホプロテオミクス ,  初代細胞培養 ,  蛋白質リン酸化 ,  *肺上皮細胞

分類 (4件)： 蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N) ,  遺伝子発現  (EC02040Q) ,  肺  (EJ05020K) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (5件)： プロテオミックス ,  肺上皮細胞 ,  遺伝子 ,  濃縮 ,  推測