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J-GLOBAL ID：201502252518304532   整理番号：15A0298310

HTSeq ハイスループットシーケンシングデータで働くPythonフレームワーク

HTSeq-a Python framework to work with high-throughput sequencing data

著者 (3件)： ANDERS Simon (European Molecular Biology Lab., Heidelberg, DEU) ,  PYL Paul Theodor (European Molecular Biology Lab., Heidelberg, DEU) ,  HUBER Wolfgang (European Molecular Biology Lab., Heidelberg, DEU)
資料名： Bioinformatics  (Bioinformatics)
巻： 31  号： 2  ページ： 166-169  発行年： 2015年01月15日 
JST資料番号： T0478A  ISSN： 1367-4803  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： カスタムスクリプトの開発を促進するためのPythonライブラリー,HTSeqを示した。HTSeqはハイスループットシーケンシングプロジェクトにおける共通データフォーマットに対するパーザとゲノム座標,配列決定,配列読取,整列,遺伝子モデル情報および変異体コールのようなデータを表すクラスを与え,ゲノム座標を通じて答えるデータ構造を明らかにした。また,遺伝子読取の重複を数えることにより差次的発現解析のためのRNA-seqデータを前処理するHTSeqにより開発されたツールhtseq-countも示した。

シソーラス用語： *遺伝学実験技術 ,  *ヌクレオチド配列 ,  *オブジェクト指向言語 ,  計算機プログラム ,  データフォーマット ,  構文分析 ,  ゲノム ,  アラインメント ,  突然変異体 ,  データ構造 ,  遺伝子発現 ,  RNA【核酸】 ,  RNA配列解析 ,  ヌクレオチド配列決定 ,  パーザ ,  *ハイスループットヌクレオチド配列決定法 ,  *Python言語 ,  差次的遺伝子発現 ,  分子遺伝現象
準シソーラス用語： *Python ,  スクリプト ,  差次的発現 ,  整列 ,  変異体

分類 (3件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  応用プログラミング言語  (JD03052Y) ,  数値計算  (JE02000J)

タイトルに関連する用語 (2件)： Python ,  フレームワーク