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J-GLOBAL ID：201502254710738034   整理番号：15A0265539

DNAマイクロアレイでのSNP検出特異性に対するデオキシイノシンで置換したオリゴヌクレオチドプローブの効果

Effect of oligonucleotide probes substituted by deoxyinosines on the specificity of SNP detection on the DNA microarray

著者 (4件)： QIAN Xiaoting (State Key Lab. of Bioelectronics, School of Biological Sci. and Medical Engineering, Southeast Univ., Nanjing, CHN) ,  PU Dan ,  LIU Bicheng ,  XIAO Pengfeng
資料名： Electrophoresis  (Electrophoresis)
巻： 36  号： 2  ページ： 263-270  発行年： 2015年01月 
JST資料番号： A0626B  ISSN： 0173-0835  CODEN： ELCTDN  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： ドイツ (DEU)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： マイクロアレイ結果の品質に影響する主要因の1つは,マイクロアレイハイブリダイゼーションの特異性である。ハイブリダイゼーション特異性に影響する主要因は,プローブデザインにある。本論文で著者等は,DNAハイブリダイゼーションの特異性を改善するための,デオキシイノシンを含む新しいオリゴヌクレオチドプローブについて報告した。著者等は,デオキシイノシン塩基とSNPサイト間の距離,およびデオキシイノシン塩基の数を測定するため,様々なプローブを比較した。新しいプローブ配列は2セットのデオキシイノシン(各セットは2つのデオキシイノシンを持つ)を含み,SNPサイトと各デオキシイノシンセットの間隔は2塩基であった。新しいプローブは,最高のハイブリダイゼーション特異性を得られた。実験結果は,デオキシイノシンを含むプローブが,完全対応するターゲットに効果的にハイブリダイゼーションし,DNAマイクロアレイのハイブリダイゼーション特異性を改善したことを示した。ハイブリダイゼーション後の簡単な洗浄ステップを含むことで,これらプローブは,一塩基ミスマッチ配列からマッチングしたターゲットを完全に区別できた。デオキシイノシンを含むプローブで,マッチング配列の蛍光強度は,ミスマッチのものより8倍以上強かった。しかし,強度比は,デオキシイノシンを含まないプローブでは,1.3倍ないしそれ以下に過ぎなかった。最終的に,PCR生成物マイクロアレイのハイブリダイゼーションを用い,これら新しいラベル化プローブを用いて,140試料のSNPを遺伝子型解析できた。著者等の結果は,DNAマイクロアレイ解析に用いるためのオリゴヌクレオチドプローブ修飾の新しい有益な戦略を示した。Copyright 2015 Wiley Publishing Japan K.K. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.

シソーラス用語： *DNAマイクロアレイ ,  *遺伝学実験技術 ,  *性質 ,  オリゴヌクレオチド ,  分子ハイブリダイゼーション ,  放射強度 ,  生化学的分析 ,  分析キット ,  デオキシリボヌクレオシド ,  プリンヌクレオシド
準シソーラス用語： DNAハイブリダイゼーション ,  *SNP遺伝子型判定 ,  オリゴヌクレオチドプローブ ,  蛍光強度 ,  *特異性

分類 (1件)： 生化学的分析法  (EA03030G)

物質索引 (1件)： デオキシイノシン

タイトルに関連する用語 (6件)： DNAマイクロアレイ ,  SNP ,  特異性 ,  デオキシイノシン ,  置換 ,  オリゴヌクレオチドプローブ