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J-GLOBAL ID：201502255960025170   整理番号：15A0475735

速度スケーリング最適化ハイブリッド明示的/暗黙的溶媒REMDシミュレーションを用いた蛋白質配座転移に関するサンプリング効率の増強

Increasing the sampling efficiency of protein conformational transition using velocity-scaling optimized hybrid explicit/implicit solvent REMD simulation

著者 (5件)： YU Yuqi (ACS Key Lab. of Receptor Res., Drug Discovery and Design Center, Shanghai Inst. of Materia Medica, Chinese Acad. of ...) ,  WANG Jinan (ACS Key Lab. of Receptor Res., Drug Discovery and Design Center, Shanghai Inst. of Materia Medica, Chinese Acad. of ...) ,  SHAO Qiang (ACS Key Lab. of Receptor Res., Drug Discovery and Design Center, Shanghai Inst. of Materia Medica, Chinese Acad. of ...) ,  SHI Jiye (UCB Pharma, 216 Bath Road, Slough SL1 4EN, GBR) ,  ZHU Weiliang (ACS Key Lab. of Receptor Res., Drug Discovery and Design Center, Shanghai Inst. of Materia Medica, Chinese Acad. of ...)
資料名： Journal of Chemical Physics  (Journal of Chemical Physics)
巻： 142  号： 12  ページ： 125105-125105-7  発行年： 2015年03月28日 
JST資料番号： C0275A  ISSN： 0021-9606  CODEN： JCPSA6  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 蛋白質運動に対する温度レプリカ交換分子動力学(REMD)シミュレーションの適用は,計算リソースに関する膨大な要件,特に明示的な溶媒モデルが組み込まれた場合には,限定されている。以前の研究で,著者らは,高いサンプリング効率を維持することを前提に,温度(レプリカ)数を減少させることを望んで,速度スケーリング最適化ハイブリッド明示的/暗黙的溶媒REMD法を開発した。本研究では,この方法を利用して,蛋白質モデルであるカルモジュリンのN末端ドメインの配座転移経路をキャラクタライズし,エネルギー的に同定した。標準的な明示的溶媒REMDシミュレーションとの比較で,このハイブリッドREMDは計算的に大いに高価ではないが,標準的なREMDシミュレーションとよく一致する配座転移の構造および熱力学的特徴に関する正確な計算を与える。したがって,このハイブリッドREMDは,計算効率を大きく増大させ,それによってより大きなサイズの蛋白質系へのREMDシミュレーションの応用を拡大するものである。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： *モンテカルロ法 ,  *計算機シミュレーション ,  *配座転移 ,  速度 ,  タンパク質 ,  カルモジュリン ,  効率
準シソーラス用語： *レプリカ交換法 ,  *分子動力学シミュレーション ,  サンプリング効率 ,  計算効率

分類 (3件)： 蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N) ,  計算機シミュレーション  (JE11000H) ,  分子の立体配置・配座  (BH05022J)

タイトルに関連する用語 (6件)： スケーリング ,  最適化 ,  溶媒 ,  蛋白質配座 ,  サンプリング効率 ,  増強