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J-GLOBAL ID：201502262622344860   整理番号：15A0337672

標的化PCR手法を用いるCryptomycotaの生物多様性のサーベイ

Surveying the biodiversity of the Cryptomycota using a targeted PCR approach

著者 (2件)： LAZARUS Katherine L. (Dep. of Ecology and Evolutionary Biology, Univ. of Michigan, Ann Arbor, MI 48109, USA) ,  JAMES Timothy Y. (Dep. of Ecology and Evolutionary Biology, Univ. of Michigan, Ann Arbor, MI 48109, USA)
資料名： Fungal Ecology  (Fungal Ecology)
巻： 14  ページ： 62-70  発行年： 2015年04月 
JST資料番号： W2335A  ISSN： 1754-5048  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Cryptomycotaは,膨大な研究されていない生物多様性を構成することが推測されている初期分岐真菌の,新たに発見された門である。環境DNA配列に由来して主に知られるこの群は,僅かな正式記述と培養が成功した属を含み,全ては絶対内部寄生菌として知られている。膨大な研究が,水生,陸生,および動物関連生息場所でDNA配列として検出してきたが,これまでPCRによりこの群を特異的に標的化した研究は存在しない。本研究において著者らは,この群の生物多様性と生態に関する研究を促進するために,18S rRNA遺伝子に対するCryptomycota特異的および選好性プライマーを開発した。Cryptomycotaの配列多様性と生息場所関連性が,淡水堆積物,海洋堆積物および土壌といった3種の環境でサーベイされた。この新しいプライマーはCryptomycota配列の大きな割合を回収可能であった。すなわち,クローニングまたは直接に配列決定された56の配列のうち,44が独自のOTUsであり,またそのうちの88.6%(39/44)がCryptomycotaと系統発生学的に密接に関連した。本研究は,現行のCryptomycotaの配列多様性の境界を拡張し,独自のCryptomycotaOTUsが12の支持されたCryptomycotaサブクレードルのうちの6つに広がっていた。淡水堆積物と土壌は,Cryptomycota選好性プライマーにより一貫して増幅された。著者らの結果は,Cryptomycotaが実質的に全ての陸生および水生生態系のユビキタスで系統発生学的に多様なコンポーネントであることを提示し,その生態学的機能はさらによく探索されるべきである。Copyright 2015 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.

シソーラス用語： *PCR法 ,  生物多様性 ,  *真菌類 ,  ヌクレオチド配列 ,  寄生生物 ,  rRNA遺伝子 ,  プライマー【遺伝】 ,  遺伝子クローニング ,  生態系 ,  生息分布 ,  生息環境 ,  生物分類 ,  解析 ,  *系統発生
準シソーラス用語： 18SrRNA遺伝子 ,  *Cryptomycota ,  微生物分類 ,  分子系統解析 ,  PCRプライマー ,  種特異的プライマー

分類 (3件)： 微生物学(ウイルス以外)一般  (EG03010C) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  遺伝学研究法  (EC01020N)

タイトルに関連する用語 (4件)： 標的化 ,  PCR ,  手法 ,  生物多様性