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J-GLOBAL ID：201502264275637404   整理番号：15A0241975

Porphyromonas gingivalis FimAの構造とドッキング配向の確立に向けたab initioモデリング法

Ab initio modeling approach towards establishing the structure and docking orientation of the Porphyromonas gingivalis FimA

著者 (6件)： CUENO Marni E. (Dep. of Microbiology, Nihon Univ., School of Dentistry, Tokyo 101-8310, JPN) ,  NAGANO Keiji (Dep. of Microbiology, School of Dentistry, Aichi Gakuin Univ., Nagoya 464-8650, JPN) ,  IMAI Kenichi (Dep. of Microbiology, Nihon Univ., School of Dentistry, Tokyo 101-8310, JPN) ,  TAMURA Muneaki (Dep. of Microbiology, Nihon Univ., School of Dentistry, Tokyo 101-8310, JPN) ,  YOSHIMURA Fuminobu (Dep. of Microbiology, School of Dentistry, Aichi Gakuin Univ., Nagoya 464-8650, JPN) ,  OCHIAI Kuniyasu (Dep. of Microbiology, Nihon Univ., School of Dentistry, Tokyo 101-8310, JPN)
資料名： Journal of Molecular Graphics & Modelling  (Journal of Molecular Graphics & Modelling)
巻： 55  ページ： 65-71  発行年： 2015年02月 
JST資料番号： B0044D  ISSN： 1093-3263  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Porphyromonas gingivalis FimAは,歯周病進展における主な原因化学物質だが,その構造は決定されたことはなかった。ここでは,全6つのFimA変異体の成熟P.gingivalis FimA ab initioモデルを開発した。各FimA変異体の保存アミノ酸配列を決定し,成熟FimAモデルを生成した。次に,それらの品質,経験的蛋白質分布,旋回半径を確認した。同様に,構造比較とトポロジー配向を解明し,可能な蛋白質-蛋白質ドッキングを調べた。推定成熟FimAモデルがβシートリッチであることを見出し,同様に,各成熟FimAモデルはFimA部分の上部,中央部,下部へトポロジー的に分割できる。更に,FimA上皮細胞結合領域(EBD)が,全ての変異体の中央部FimA部分内で,構造的に保存できる事を見出し,FimA-FimAドッキングはFimA EBDが互いに逆や交互方向に配向することを示唆した。Copyright 2015 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.

シソーラス用語： *構造遺伝子 ,  *ドッキング ,  歯周疾患 ,  上皮細胞 ,  *ab initio法 ,  *計算モデル ,  突然変異体 ,  アミノ酸配列 ,  品質 ,  位相幾何学 ,  分子配向 ,  *β構造 ,  結合部位 ,  *Porphyromonas gingivalis ,  *fimA遺伝子 ,  *蛋白質ドッキング ,  *ポルフィロモナス属 ,  *微生物 ,  *バクテロイデス科
準シソーラス用語： *Porphyromonas ,  変異体 ,  トポロジー ,  配向【分子】 ,  *βシート ,  結合領域

分類 (4件)： 感染症・寄生虫症一般  (GD01010H) ,  分子構造  (EB03020Y) ,  分子の電子構造  (BH05010Q) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (5件)： Porphyromonas ,  FIMA ,  ドッキング ,  配向 ,  モデリング