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J-GLOBAL ID：201502264470581855   整理番号：15A0654470

ネットワーク解析と組み合わせた遺伝子発現パターンは膀胱癌に関連するハブ遺伝子を同定する

Gene expression patterns combined with network analysis identify hub genes associated with bladder cancer

著者 (5件)： BI Dongbin (Dep. of Urology, Provincial Hospital affiliated to Shandong Univ., Jinan, CHN) ,  NING Hao (Dep. of Urology, Provincial Hospital affiliated to Shandong Univ., Jinan, CHN) ,  LIU Shuai (Dep. of Urology, Provincial Hospital affiliated to Shandong Univ., Jinan, CHN) ,  QUE Xinxiang (Dep. of Urology, Provincial Hospital affiliated to Shandong Univ., Jinan, CHN) ,  DING Kejia (Dep. of Urology, Provincial Hospital affiliated to Shandong Univ., Jinan, CHN)
資料名： Computational Biology and Chemistry  (Computational Biology and Chemistry)
巻： 56  ページ： 71-83  発行年： 2015年06月 
JST資料番号： H0201B  ISSN： 1476-9271  CODEN： COCHDK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 【目的】膀胱癌(BC)の分子機構及びネットワーク法を用いて早期検出及び診断のためのバイオマーカーについて検討する。【方法】膀胱癌患者と健常人間で差次的に発現した遺伝子(DEG)をマイクロアレイデータパッケージのための線形モデルの経験的Bayes法を用いてスクリーニングした。差次的に共発現した遺伝子及びリンクによって共発現ネットワークを構築した。調節性のインパクトファクターメトリック規制影響因子(RIF)計量法を用いて重要な転写因子(TF)を同定した。相互作用する遺伝子/蛋白質(STRING)検索のための検索ツールによって蛋白質-蛋白質間相互作用(PPI)ネットワークを構築し,クラスターは分子錯体検出(MCODE)アルゴリズムで得た。遺伝子オントロジー(GO)及び遺伝子とゲノム(KEGG)データベースの京都百科事典に基づいて濃縮分析を実施した。【結果】共発現ネットワーク及びTF(異なるステージとグレードにおける全体的なDEGとDEGの発現データに基づく)を同定した。程度の解析に従ってUBE2C,ACTA2,FABP4,CKS2,FN1及びTOP2Aなどの複体ネットワークのハブ遺伝子を取得した。全体的なDEGの遺伝子濃縮分析において,蛋白質性の細胞外マトリックス及び細胞外マトリックス構造の構成成分は,トップ3のGOタームであった。ECM受容体相互作用,焦点接着及び細胞周期が有意な経路であった。【結論】BCの根底にあるバイオマーカーの可能性を提供した。しかし更なる検証が必要であり,BCの病因を解明するためには更なる検討が必要であった。Copyright 2015 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.

シソーラス用語： *膀胱腫瘍 ,  *解析 ,  *遺伝子発現 ,  *同定 ,  バイオチップ ,  ヒト ,  早期診断 ,  細胞接着 ,  分子間相互作用 ,  数学モデル ,  バイオマーカー ,  転写因子 ,  分子化合物 ,  アルゴリズム ,  データベース ,  遺伝子 ,  細胞外マトリックス
準シソーラス用語： ゲノムデータベース ,  *ネットワーク解析 ,  マイクロアレイ ,  *遺伝子同定 ,  *遺伝子発現パターン ,  共発現 ,  焦点接着 ,  線形モデル ,  蛋白質間相互作用 ,  分子錯体

分類 (3件)： 腫ようの診断  (GE03020J) ,  泌尿排出系一般  (EJ09010B) ,  遺伝子発現  (EC02040Q)

タイトルに関連する用語 (6件)： ネットワーク解析 ,  遺伝子発現パターン ,  膀胱癌 ,  ハブ ,  遺伝子 ,  同定