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J-GLOBAL ID：201502266393902719   整理番号：15A0635901

HIPPE プロモーター相互作用エンハンサー因子に対するハイスループット同定パイプライン

HIPPE: a high-throughput identification pipeline for promoter interacting enhancer elements

著者 (9件)： HWANG Yih-Chii (Univ. Pennsylvania) ,  LIN Chiao-Feng (Univ. Pennsylvania) ,  VALLADARES Otto (Univ. Pennsylvania) ,  MALAMON John (Univ. Pennsylvania) ,  KUKSA Pavel P. (Univ. Pennsylvania) ,  ZHENG Qi (Univ. Pennsylvania, PA) ,  GREGORY Brian D. (Univ. Pennsylvania) ,  GREGORY Brian D. (Univ. Pennsylvania, PA) ,  WANG Li-San (Univ. Pennsylvania)
資料名： Bioinformatics  (Bioinformatics)
巻： 31  号： 8  ページ： 1290-1292  発行年： 2015年04月15日 
JST資料番号： T0478A  ISSN： 1367-4803  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 真核細胞核におけるクロマチン領域の三次元結合性を明らかにするため,ゲノムワイド染色体捕獲(Hi-C)が用いられた。ゲノムにおける全てのクロマチン相互作用を捕捉できるその能力のため,地理的近位標的遺伝子プロモーターを持つ長距離調節要素を観察するためHi-Cが最近用いられた。Hi-C読取のマッピング,DNA-DNA相互作用フラグメントの同定,推定上のエンハンサー因子におけるヒストン修飾およびDNアーゼ超感受性濃縮から染色体内および色体間エンハンサー-標的遺伝子関係の抽出までのワークフローを簡素化するため,プロモーター相互作用エンハンサー因子に対するハイスループット同定パイプラインを実施した。

シソーラス用語： *プロモーター領域 ,  相互作用 ,  *エンハンサー領域 ,  *計測 ,  真核細胞 ,  細胞核 ,  クロマチン ,  ゲノムワイド関連解析 ,  染色体 ,  ゲノム ,  遺伝子 ,  遺伝子ターゲティング ,  データ読取 ,  写像 ,  DNA【核酸】 ,  化学修飾 ,  ヒストン ,  DNアーゼ ,  ワークフロー
準シソーラス用語： *ハイスループット法 ,  ヒストン修飾 ,  *プロモーター ,  マッピング ,  標的遺伝子

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  遺伝子発現  (EC02040Q)

タイトルに関連する用語 (6件)： プロモーター ,  相互作用 ,  因子 ,  ハイスループット ,  同定 ,  パイプライン