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J-GLOBAL ID：201502270991212597   整理番号：15A0469630

タンパク質のシミュレーションのためのunited residue(UNRES)力場における骨格および側鎖の局所立体配座状態間のカップリングのための物理学ベースのポテンシャル

Physics-Based Potentials for the Coupling between Backbone- and Side-Chain-Local Conformational States in the United Residue (UNRES) Force Field for Protein Simulations

著者 (7件)： SIERADZAN Adam K. (Univ. Gdansk, Gdansk, POL) ,  SIERADZAN Adam K. (Cornell Univ., New York, USA) ,  KRUPA Pawel (Univ. Gdansk, Gdansk, POL) ,  KRUPA Pawel (Cornell Univ., New York, USA) ,  SCHERAGA Harold A. (Univ. Gdansk, Gdansk, POL) ,  LIWO Adam (Univ. Gdansk, Gdansk, POL) ,  CZAPLEWSKI Cezary (Univ. Gdansk, Gdansk, POL)
資料名： Journal of Chemical Theory and Computation  (Journal of Chemical Theory and Computation)
巻： 11  号： 2  ページ： 817-831  発行年： 2015年02月 
JST資料番号： W2328A  ISSN： 1549-9618  CODEN： JCTCCE  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ボルツマンインテグレーションにより末端がブロックされたアミノ酸残基の全原子エネルギー表面から由来するねじれ物理学ベースのポテンシャルについて示した。分子量子化学の半経験的AM1法を用いてエネルギー表面を計算し,ヘッセ行列からの調和近似を用いてエントロピーの寄与を調べた。個々のバーチャルボンド二面角における一次元フーリエ級数を計算したポテンシャルに入れ,これらの式をUNRES力場で実行した。8種類のタンパク質を用いて新しいポテンシャルを含むUNRES力場のベーシックキャリブレーションを行い,新しいエネルギー項の最適な重みを選択し,通常のねじり項の重みを低減した。22種類のタンパク質を用いて力場を評価した結果,新しいポテンシャルにより個々の実験的構造からの平均的な配座の平均平方根偏差が0.86Å減少し,一部のタンパク質では5Åの改善が認められた。

シソーラス用語： 二面角 ,  AM1法 ,  *ポテンシャルエネルギー面 ,  エントロピー ,  立体配座 ,  タンパク質 ,  関数 ,  *ポテンシャルエネルギー ,  力の場
準シソーラス用語： *ポテンシャルエネルギー関数 ,  力場

分類 (1件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (9件)： タンパク質 ,  シミュレーション ,  力場 ,  骨格 ,  側鎖 ,  立体配座 ,  カップリング ,  物理学 ,  ポテンシャル