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J-GLOBAL ID：201502275724926078   整理番号：15A0254248

Contigのk-mer coverage値の分布特徴量を用いたDouble assembly methodの提案

Double assembly method with waveform characteristics of contig’s p-value for k-mer’s coverage

著者 (3件)： 大城絢子 (琉球大 大学院理工学研究科) ,  岡崎威生 (琉球大 工) ,  名嘉村盛和 (琉球大 工)
資料名： 情報処理学会研究報告(Web)  (IPSJ Technical Report (Web))
巻： 2013  号： BIO-36  ページ： WEB ONLY VOL.2013-BIO-36,NO.8  発行年： 2013年12月04日 
JST資料番号： U0451A  資料種別： 会議録 (C)
記事区分： 原著論文  発行国： 日本 (JPN)  言語： 日本語 (JA)

抄録/ポイント： 高速処理機能を搭載したギガシークエンサより獲得した読み取り配...

シソーラス用語： *クローン ,...
準シソーラス用語： コンティグ ,...

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分類 (1件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

引用文献 (18件)：

• Lincoln D Stein: The case for cloud computing in genome informatics. Genome Biology 2010, 11:207.
• Miller JR, Koren S, Sutton G: Assembly algorithms for next-generation sequencing data. Genomics 2010, 95:315-327.
• Daniel R. Zerbino and Ewan Birney : Algorithms for de novo short read assembly using de Bruijn graphs, Genome Research, vol.18, pp.821-829, (2008)
• ”Jared T. Simpson, kim Wong, Shaun D. Jackman, et al”ABySS: A parallel assembler for short read sequence data, Genome Research, vol.19, pp.1117- 1123, (2009)
• Pebble and Rock Band: Heuristic Resolution of Repeats and Scaffolding in the Velvet Short-Read de Novo Assembler

タイトルに関連する用語 (3件)： 分布 ,  特徴量 ,  提案