文献

J-GLOBAL ID：201502275992291654   整理番号：15A0654462

薬剤設計に影響を及ぼす構造特性と相互作用のエネルギー分子シミュレーション,統計情報,相互作用エネルギー,ニューラルネットワークを組み合わせたアプローチ

Structural properties and interaction energies affecting drug design. An approach combining molecular simulations, statistics, interaction energies and neural networks

著者 (5件)： IOANNIDIS Dimitris (Lab. of Biochemistry, Dep. of Medicine, Democritus Univ. of Thrace, 68100 Alexandroupolis, GRC) ,  PAPADOPOULOS Georgios E. (Dep. of Biochemistry and Biotechnology, Univ. of Thessaly, Ploutonos 26 & Aeolou Greece, 41221 Larisa, GRC) ,  ANASTASSOPOULOS Georgios (Lab. of Medical Informatics, Dep. of Medicine, Democritus Univ. of Thrace, 68100 Alexandroupolis, GRC) ,  KORTSARIS Alexandros (Lab. of Biochemistry, Dep. of Medicine, Democritus Univ. of Thrace, 68100 Alexandroupolis, GRC) ,  ANAGNOSTOPOULOS Konstantinos (Lab. of Biochemistry, Dep. of Medicine, Democritus Univ. of Thrace, 68100 Alexandroupolis, GRC)
資料名： Computational Biology and Chemistry  (Computational Biology and Chemistry)
巻： 56  ページ： 7-12  発行年： 2015年06月 
JST資料番号： H0201B  ISSN： 1476-9271  CODEN： COCHDK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： タンパク質とリガンド間の相互作用の基本的な原則を明らかにするために,リガンドがあるヒトのタンパク質の 87 の構造のサブセットを PDB データバンクから取得した。短い分子動力学シミュレーション (構造安定性の確認) 後に,様々な相互作用エネルギーと構造パラメーターを取り出した。タンパク質とリガンド間の相互作用に著しく寄与する可能性があるパラメーターを決定するために線形回帰を行った。比較的高い相関係数を示すパラメーターを選択した。重要な因子は,リガンド原子の数,全リガンド原子に対する N,O,S 原子の比率,疎水性/極性アミノ酸比,空隙内のリガンドと水の原子の合計に対する空隙の比,と思われる。空隙内の動かない水分子も重要な因子と思われる。これらのパラメーターのうち 9 つを,他の 7 つの予測におけるニューラルネットワークをトレーニングするための既知の入力として使用した。8 つの構造を予測の精度をテストするトレーニングから除外した。ニューラルネットワークの最適化後,予測は相対的に少数の構造を与えるかなりの正確性があった。特にリガンドの窒素原子と硫黄原子の数の予測において正確であった。Copyright 2015 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.

シソーラス用語： *ドラッグデザイン ,  *構造特性 ,  *相互作用 ,  ニューラルネットワーク ,  データベース ,  計算機シミュレーション ,  分子動力学 ,  構造パラメータ ,  回帰分析 ,  疎水性 ,  水分子 ,  硫黄 ,  窒素
準シソーラス用語： エネルギーシミュレーション ,  プロテインデータバンク ,  構造安定性 ,  相互作用エネルギー ,  統計情報 ,  分子動力学シミュレーション ,  *薬剤設計

分類 (1件)： 薬物の相互作用  (GV01070X)

タイトルに関連する用語 (8件)： 薬剤設計 ,  構造特性 ,  相互作用 ,  エネルギー ,  分子シミュレーション ,  統計情報 ,  相互作用エネルギー ,  ニューラルネットワーク