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J-GLOBAL ID：201502276167959304   整理番号：15A0405857

次世代シーケンサーデータの解析手法 第3回 Linux環境構築からNGSデータ取得まで

Methods for analyzing next-generation sequencing data: III. From setting a Linux environment to manipulating Lactobacillus RNA-seq data

著者 (5件)： SUN Jianqiang (東大 大学院農学生命科学研究科) ,  三浦文 (アグリバイオインフォマティクス教育研究ユニット) ,  清水謙多郎 (東大 大学院農学生命科学研究科) ,  清水謙多郎 (アグリバイオインフォマティクス教育研究ユニット) ,  門田幸二 (アグリバイオインフォマティクス教育研究ユニット)
資料名： 日本乳酸菌学会誌  (Japanese Journal of Lactic Acid Bacteria)
巻： 26  号： 1  ページ： 32-41  発行年： 2015年03月16日 
JST資料番号： L3534A  ISSN： 1343-327X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 解説  発行国： 日本 (JPN)  言語： 日本語 (JA)

抄録/ポイント： Bio-Linuxは,多くの次世代シーケンサー(以下,NGS...

シソーラス用語： *自動分析計 ,...
準シソーラス用語： 解析プログラム

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分類 (2件)： 生物科学研究法一般  (EA03010K) ,  微生物・ウイルス学研究法一般  (EG02010V)

引用文献 (7件)：

• 1) 孫建強,湯敏,西岡輔,清水謙多郎,門田幸二(2014)次世代シーケンサーデータの解析手法 第2 回GUI 環境から コマンドライン環境へ.日本乳酸菌学会誌25:166-174.
• 2) Field D, Tiwari B, Booth T, Houten S, Swan D, et al. (2006) Open software for biologists: from famine to feast. Nat Biotechnol 24: 801-803.
• 3) 門田幸二,孫建強,湯敏,西岡輔,清水謙多郎(2014)次世代シーケンサーデータの解析手法 第1 回イントロダクショ ン.日本乳酸菌学会誌 25:87-94.
• 4) 門田幸二(2014)1.3 RNA-seq,p.8-27,シリーズ Useful R 第7 巻 トランスクリプトーム解析,金明哲 編,共立出版, 東京.
• 5) Flicek P, Amode MR, Barrell D, Beal K, Billis K, et al. (2014) Ensembl 2014. Nucleic Acids Res., 42, D749-D755.

タイトルに関連する用語 (6件)： 次世代シーケンサー ,  解析手法 ,  Linux ,  環境 ,  構築 ,  データ取得