喫煙歴を有する症例における肺癌の動的蛋白質-蛋白質相互作用サブネットワーク【Powered by NICT】

Yu Wei; He Liran; Zhao Yanchao; Chan Manhim; Zhang Meng; He Miao

文献

J-GLOBAL ID：201502276399222855 整理番号：15A0022639

喫煙歴を有する症例における肺癌の動的蛋白質-蛋白質相互作用サブネットワーク【Powered by NICT】

Dynamic protein-protein interaction subnetworks of lung cancer in cases with smoking history

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資料名：
巻： 32 号： 2 ページ： 84-90 発行年： 2013年
JST資料番号： C2043A ISSN： 1000-467X CODEN： AIZHE4 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：中国 (CHN) 言語：英語 (EN)

喫煙は肺癌の主な原因であり,肺癌症例の85%に関係している。しかし,肺癌は喫煙歴のある患者で発生するかは不明なままである。ヒト蛋白質-蛋白質相互作用(PPI)ネットワークと遺伝子発現データを組み合わせたシステムアプローチが従来の方法よりも優れている。は,喫煙が肺癌発生に果たすとPPIを予測するためのサポートベクトルマシン(SVM)モデルを用いた役割を決定するためにこれらのシステムを実施した。発現分散(EV)を定義することにより,著者らはヒト蛋白質参照データベースとGene Expression Omnibusデータベースからのデータを用いて五百二十の動的蛋白質(EV>0.4)を見出し,喫煙歴のある患者の肺癌の7動的PPIサブネットワークを構築した。また,各サブネットワークの主要な機能:シグナル伝達,アポトーシス,およびサブネットワークAの細胞移動および接着;サブネットワークB細胞持続的血管新生;サブネットワークCに対するアポトーシス;,最後に,シグナル伝達とサブネットワークD~Gの細胞複製および増殖を決定した。動的蛋白質と静的蛋白質度の確率分布が異なり,動的蛋白質は隣接蛋白質に関連した広くコア蛋白質ではないことを明確に示した。は動的蛋白質間の高い相関は,動的蛋白質は特異的動的モジュールを形成する傾向があることを示唆した。も癌が発生した場合,動的蛋白質は選択した蛋白質ではなくすべての隣接蛋白質の発現と相関したのみであったことを見出した。Data from the ScienceChina, LCAS. Translated by JST【Powered by NICT】

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腫ようの化学・生化学・病理学 , 基礎腫よう学一般

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