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J-GLOBAL ID：201502276820792399   整理番号：15A0448721

次世代シーケンサーデータの解析手法 第2回 GUI環境からコマンドライン環境へ

Methods for analyzing next-generation sequencing data II. From graphical user interface to command line interface

著者 (5件)： SUN Jianqiang (東大 大学院農学生命科学研究科) ,  TANG Min (東大 大学院農学生命科学研究科) ,  西岡輔 (東大 大学院農学生命科学研究科) ,  清水謙多郎 (東大 大学院農学生命科学研究科) ,  門田幸二 (東大 大学院農学生命科学研究科)
資料名： 日本乳酸菌学会誌  (Japanese Journal of Lactic Acid Bacteria)
巻： 25  号： 3  ページ： 166-174  発行年： 2014年11月18日 
JST資料番号： L3534A  ISSN： 1343-327X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 短報  発行国： 日本 (JPN)  言語： 日本語 (JA)

抄録/ポイント： 実験系研究者が普段利用するWindowsやMacintosh...

シソーラス用語： *自動分析計 ,...
準シソーラス用語： *ゲノム解析

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分類 (4件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  生物科学研究法一般  (EA03010K) ,  微生物の生化学  (EG03020N) ,  システムモデル  (IB02000Z)

引用文献 (8件)：

• 1) Ogasawara, O., Mashima, J., Kodama, Y., Kaminuma, E., Nakamura, Y., Okubo, K., Takagi, T.: DDBJ new system and service refactoring. Nucleic Acids Res., 41, D25-D29 (2013).
• 2) 小笠原理:VI プロトコール データ解析と環境構築:1 解析環境を導入する,p.323-331,実験医学別冊 次世代シークエンス解析スタンダードNGSのポテンシャルを活かしきるWET&DRY,二階堂愛 編,羊土社,東京(2014).
• 3) Li, J.W., Schmieder, R., Ward, R.M., Delenick, J., Olivares, E.C., Mittelman, D.: SEQanswers: an open access community for collaboratively decoding genomes. Bioinformatics, 28, 1272-1273 (2012).
• 4) Parnell, L.D., Lindenbaum, P., Shameer, K., Dall'Olio, G.M., Swan, D.C., Jensen, L.J., Cockell, S.J., Pedersen, B.S., Mangan, M.E., Miller, C.A., Albert, I.: BioStar: an online question & answer resource for the bioinformatics community. PLoS Comput. Biol., 7, e1002216 (2011).
• 5) Broadbent, J.R., Neeno-Eckwall, E.C., Stahl, B., Tandee, K., Cai, H., Morovic, W., Horvath, P., Heidenreich, J., Perna, N.T., Barrangou, R., Steele, J.L.: Analysis of the Lactobacillus casei supragenome and its influence in species evolution and lifestyle adaptation. BMC Genomics, 13, 533 (2012).

タイトルに関連する用語 (5件)： 次世代シーケンサー ,  解析手法 ,  GUI ,  環境 ,  コマンド