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J-GLOBAL ID：201502283887958107   整理番号：15A0331518

LocalAli:複数ネットワーク内の機能的保存モジュールを識別するための進化ベースのローカルアライメント手法

LocalAli: an evolutionary-based local alignment approach to identify functionally conserved modules in multiple networks

著者 (2件)： HU Jialu (Freie Univ. Berlin, Berlin, DEU) ,  REINERT Knut (Freie Univ. Berlin, Berlin, DEU)
資料名： Bioinformatics  (Bioinformatics)
巻： 31  号： 3  ページ： 363-372  発行年： 2015年02月01日 
JST資料番号： T0478A  ISSN： 1367-4803  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 既存の多くの蛋白質配列のローカルネットワークアラインメント手法はスコアリング方式に基いており,計算速度と拡張性の点で限界があり,高度なネットワーク進化モデルと効率的なローカルアラインメントアルゴリズムが必要とされている。複数ネットワークで機能的な保存モジュールを識別する,高速でスケーラブルなローカルネットワークアラインメントツール,LocalAliを開発した。最大節約進化モデルに基づき,保存モジュールの進化プロセスを再構築し,共通先祖モジュールからの一連の進化過程としてアライメント結果の解釈する。メタヒューリスティック手法である焼きなまし法を用い,系統樹の最適な祖先モジュールを検索する。26の実データセットと1040のランダムデータセットに適用し,既存手法と比較して,カバレッジ,一貫性,拡張性の面でより優れた性能であった。https://code.google.com/p/localali/で入手可能である。

シソーラス用語： アラインメント ,  アミノ酸配列 ,  *分子進化 ,  系統樹 ,  *支援プログラム ,  系統発生 ,  性能評価 ,  ネットワーク
準シソーラス用語： *LocalAli ,  ソフトウェアツール

分類 (1件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (6件)： 保存 ,  モジュール ,  識別 ,  進化 ,  アライメント ,  手法