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J-GLOBAL ID：201502284416750812   整理番号：15A0093677

バーチャルスクリーニングのためのGPCR類の大多数の一致した結合様式を用いる拡張テンプレート-ベースモデリングと評価法

Extended Template-Based Modeling and Evaluation Method Using Consensus of Binding Mode of GPCRs for Virtual Screening

著者 (4件)： SATO Miwa (Yokohama City Univ., Yokohama, JPN) ,  SATO Miwa (National Inst. of Advanced Industrial Sci. and Technol. (AIST), Tokyo, JPN) ,  SATO Miwa (Mitsui Knowledge Ind. Co., Tokyo, JPN) ,  HIROKAWA Takatsugu (National Inst. of Advanced Industrial Sci. and Technol. (AIST), Tokyo, JPN)
資料名： Journal of Chemical Information and Modeling  (Journal of Chemical Information and Modeling)
巻： 54  号： 11  ページ： 3153-3161  発行年： 2014年11月 
JST資料番号： A0294A  ISSN： 1549-9596  CODEN： JCISD8  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 構造に基づくバーチャルスクリーニング(SBVS)により,大化合物ライブラリーからG蛋白質共役受容体(GPCR)類の高活性リガンドを選出する際のヒット率を改善するために,拡張テンプレート-ベースモデリング法と評価法を開発した。モデリングステップは単一,複数およびフラグメントに基づくテンプレートを用いる3方法から成る。評価ステップは大多数のリガンドドッキング様式で一致する様式(コンセンサス様式)に基づいており,リガンド-蛋白質ドッキングシミュレーションにより発生させる蛋白質リガンド相互作用フィンガープリントを用いる。開発した方法の妥当性を検証するために,X線結晶構造が既知の3種類のGPCR標的(ヒトドーパミン受容体3,ヒトヒスタミンH1受容体,ヒトデルタオピオイド受容体)と構造未決定のGPCR標的(ヒトセロトニン2A受容体)に適用した。標的GPCR活性リガンドに関する情報をDrugBankバージョン3.0ウエブサイトから抽出して用いた。いずれの場合についても,SBVSのための新モデリング法により,コンセンサス様式で高いリガンド選択を示すモデル構造を発生させられることが分かった。

シソーラス用語： *分子 ,  膜受容体 ,  *スクリーニング ,  *モデリング ,  *分子構造 ,  比率 ,  結合 ,  ドッキング ,  分子認識 ,  *分子間相互作用 ,  X線構造解析 ,  ドーパミン受容体 ,  ヒト ,  H1受容体 ,  δ受容体 ,  セロトニン受容体 ,  *GPCRリガンド ,  X線結晶構造解析 ,  *バーチャルスクリーニング ,  *分子モデリング ,  Gタンパク質共役型受容体 ,  リガンド結合
準シソーラス用語： GPCR ,  *G蛋白質共役受容体リガンド ,  δオピオイド受容体 ,  ヒスタミンH1受容体 ,  ヒット率 ,  リガンドドッキング ,  *蛋白質リガンド相互作用 ,  分子ドッキング

分類 (4件)： 細胞膜の受容体  (EF04030C) ,  理論生物学一般  (EA02010D) ,  薬物の構造活性相関  (GV01050B) ,  計算機シミュレーション  (JE11000H)

タイトルに関連する用語 (7件)： バーチャルスクリーニング ,  GPCR ,  様式 ,  拡張 ,  テンプレート ,  モデリング ,  評価法