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J-GLOBAL ID：201502285275666924   整理番号：15A0640821

マルチスケール分子動力学シミュレーションに対するスキームのベンチマーク

Benchmark of Schemes for Multiscale Molecular Dynamics Simulations

著者 (9件)： GOGA N. (Univ. Groningen, Groningen, NLD) ,  GOGA N. (Politechnica Univ. Bucharest, Bucharest, ROM) ,  MELO M. N. (Univ. Groningen, Groningen, NLD) ,  RZEPIELA A. J. (Univ. Groningen, Groningen, NLD) ,  RZEPIELA A. J. (Univ. Basel, Basel, CHE) ,  DE VRIES A. H. (Univ. Groningen, Groningen, NLD) ,  HADAR A. (Politechnica Univ. Bucharest, Bucharest, ROM) ,  MARRINK S. J. (Univ. Groningen, Groningen, NLD) ,  BERENDSEN H. J. C. (Univ. Groningen, Groningen, NLD)
資料名： Journal of Chemical Theory and Computation  (Journal of Chemical Theory and Computation)
巻： 11  号： 4  ページ： 1389-1398  発行年： 2015年04月 
JST資料番号： W2328A  ISSN： 1549-9618  CODEN： JCTCCE  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 三つのマルチスケールアルゴリズム(二つは文献から取り上げたもの,一つは著者らにより開発されたもの)のベンチマークを与えた。三つのアルゴリズムは,表現の微細化レベルに粒子を保つために三つの異なるアプローチ:1)力の付加,2)質量スケーリング,および,3)温度スケーリングを用いる。液体ヘキサデカンにベンチマークを適用した。ベンチマークは微細化部分系と粗視化部分系の平均配置エントロピーの評価を含む。温度スケーリングスキームは微細化性の少量の偏位とともに3倍のスピードアップを達成する。力の付加スキームは最良の微細化性を保つが,少しのサンプリングスピードアップをもたらす。質量スケーリングスキームは5倍のスピードアップをもたらすが,微細化性から最も偏位する。

シソーラス用語： *計算機シミュレーション ,  *計算機アルゴリズム ,  *分子動力学 ,  精密化 ,  スケーリング【計数】 ,  質量 ,  温度 ,  エントロピー ,  ベンチマーク
準シソーラス用語： *マルチスケールシミュレーション ,  粗視化分子動力学 ,  配置エントロピー ,  微細化 ,  *分子動力学シミュレーション

分類 (2件)： 物理化学一般  (CB01010X) ,  数値計算  (JE02000J)

物質索引 (1件)： ヘキサデカン

タイトルに関連する用語 (4件)： マルチスケール ,  分子動力学シミュレーション ,  スキーム ,  ベンチマーク